在现在的农业生产中，农药杀菌剂使用技术的要求高于杀虫剂，所以掌握起来难度比较大。根据药剂对病害防治的作用划分，农药杀菌剂大体分三类：
保护性杀菌剂：这类农药杀菌剂能够保护未被病菌侵染的施药部位免受病菌侵染，需要在作物没有接触到病或病害发生之前，喷药才可收到效果，如铜制剂(波尔多液)，硫制剂(石硫合剂)，代森锰等。
铲除性杀菌剂：这类农药杀菌剂能直接杀死入侵前的病菌和治疗已被侵染的施药部位，常有消毒作用。
治疗性杀菌剂：也叫内吸性杀菌剂，这类农药杀菌剂被植物吸收传导后，可阻止植株各个部位的病菌发展。如嘧菌酯百菌清。
不同类农药杀菌剂的使用方法不同。
种苗阶段系统保护：包括药液浸种、药液闷种、药剂拌种、种衣剂、药液浸蘸秧苗等。常用的药剂有拌种双、福美双等。种苗包括种子、块根、块茎、鳞茎、插条、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
药剂处理土壤：属整体或局部保护，如直接在苗床土壤中施药品种有五氯硝基苯等。处理土壤可用浇灌法、翻混法等。
叶面喷洒：叶面喷洒有多种剂型，如粉剂、微粉剂、可湿性粉剂、乳油、悬浮剂、水剂、烟雾剂等。
