在现在的农业生产中，要保证有机芝麻种子高度的发芽率和种子的食用品质，必须做到合理贮藏。最主要的是注意水分和温度的变化，防止仓库害虫、寄生菌类和老鼠的危害。有机芝麻种子贮藏的安全水分，一般为7%左右。种子水分过高，容易在贮藏中发热，使种子脂肪分解，引起霉菌寄生和虫蚀。因此，入库贮藏之前，必须做好下列几项工作：
一是清洁仓库环境，进行消毒处理;
二是将种子风干去杂，晒种过筛，去掉易吸潮的夹杂物质;
三是贮藏地点必须通风干燥，下面用隔潮物垫底。采取囤藏的必须把有机芝麻种子的贮藏技术芝麻种子堆平并加防潮覆盖物，可用细干砂、谷壳糠类，或用麻布、防雨布等。
入库后，要经常检查堆中的温度变化，一般只要种子干燥，防潮措施严密，种子处在密闭之下，既防潮又与外界隔绝，种温变化不会太大。这是由于种子的呼吸作用会逐渐耗尽种子堆中的氧气，使二氧化碳增多。种子的呼吸作用减弱，这样就可以减少种子中物质的消耗，同时可抑制好气性的霉菌和害虫，减轻危害，保存种子的品质。在冬季低温情况下，应打开仓库进行通风，使种温降低，并有效地消灭害虫和抑制病菌。农户留种贮藏，以袋装贮藏较为适宜。
