苹果树干腐病，是由苹果干腐病菌引起，主要危害枝干和果实。常造成死苗甚至毁园。果实腐烂以富士系列品种受害较重。防治的方法主要有一下四点：
一是加强幼树管理。新定植苗应及时灌水，雨季防涝，不宜秋施氮肥，9月初应打顶芽，使幼树健壮生长，增强抗病能力。
二是药剂保护。晚秋、早春应检查幼树枝干、根颈部位，发现病斑应及时涂药防治。药剂防治，应在栽植时严格汰除病苗的基础上，以春季喷铲除剂为主，然后刮治。可用3度石硫合剂。定植苗不宜刮皮，可用利刀切划竖道，切开树皮，增加渗药量。
三是树上喷药。正常年份第一遍药应在落花后10天开始，不宜拖延。病菌有潜伏侵染、积累病菌最发病的特点，应综合考虑多病合治，每15～20天一遍药，直至8月中旬。可选用70%代森锰锌可湿粉500～800倍，或40%多菌灵胶悬剂800～1000倍、50%退菌特可湿粉500～600倍等。果龄40天以内的幼果不宜喷波尔多液，以防果锈，可喷锌铜波尔多液(硫酸锌：硫酸铜：石灰：水为0.5：0.5：3：240)。采收前喷多菌灵，对贮藏期减轻病情有一定效果。一般情况打波尔多液(1：3：200)。
四是清除菌源。不用苹果和杨柳枝做撑棍，及时拣净落果、清除残枝，于园外销毁。
