甜椒是常异花授粉作物，通常用种子进行繁殖，但甜椒种子发芽率较低，一般为80%左右，当制种技术不当或生产期间遇到不良天气时，发芽率往往会大幅降至40%。杂交制种可以通过选择繁育地点、提升制种技术等措施来增加制种量，但保存少量亲本时一般不会采用异地制种的方法。为了避免因气候原因造成甜椒亲本种子量过少甚至出现绝种，南通市蔬菜科学研究所自2010年起利用甜椒节间易产生不定根的特点，采用扦插育苗技术对部分甜椒亲本进行保存，解决了甜椒在南通地区由于种子发芽率低而导致亲本数量过少、制种量低等问题。
1、扦插基质的选择
可选用无机珍珠岩作为扦插基质，条件好的单位也可使用蛭石。珍珠岩价格便宜，质地疏松，通气性和保水性都较好，不容易造成扦插材料腐烂。新基质不通过处理即可使用，但旧基质扦插前需用福尔马林100倍液喷洒消毒。基质准备好后，装填至50孔或72孔穴盘中备用。
2、扦插材料的准备
选择符合本品种特征特性、生长健壮、无病虫害的植株侧枝。侧枝以节间短、长势均匀的为最佳，将侧枝过老或过嫩的部位去除，以中部扦插为宜（侧枝过嫩容易腐烂，过老则不易生不定根）。
3、扦插方法
用锋利的手术刀片在选好的侧枝分叉部位切割，切口要平滑，切割的茎段一般长8～10 cm，带有1～2片叶。将茎段切口浸入扦插专用生根粉中1～2 cm，浸蘸15～20 s，诱导生根；或在2 000 mg/kg的萘乙酸溶液中浸蘸5～10 s，然后立即插入基质中，用手按实。
4、扦插后的管理
4.1 温度
白天温度控制在25 ℃左右，不要超过30 ℃，夜间温度控制在18 ℃左右。
4.2 湿度
空气相对湿度控制在85%～90%，基质始终保持湿润状态。一般每个穴盘可空置1穴，以便随时掌握基质湿度情况。
4.3 光照
扦插后的前15 d要全天遮阳，避免强光，待生根后可进入正常管理。一般扦插10 d后，茎段即可形成愈伤组织，20 d后可生根。
生根后，植株进入苗期管理阶段，可视植株长势适当追施叶面肥，培育壮苗。
