作物的根腐病会给苗木栽培造成严重损失。造成苗木根腐病的病原菌能够使苗木幼苗在出苗前或出苗后糜烂死亡，或使成熟植株形成慢性或急性的根系腐烂。而苗木根腐病病原菌能够侵染的植物种类范围很广。苗木栽培种植的根腐病主要是由四类真菌及细菌所引发。四类真即茵腐霉菌、疫霉菌、丝核菌、根串珠霉菌和细菌类的欧氏杆菌等。
一、腐霉菌
腐霉菌引起的根腐通常发生在含水量大、排水性差的栽培容器内和温度不适宜的情况下。过多地施用氮肥可以使病菌迅速繁殖生长。受到腐霉菌影响产生根腐的植株往往表现生长受阻，甚至萎蔫的现象。叶片表现灰暗，甚至发黄，近似缺氮的表现。几乎所有的作物发生腐霉性根腐后，都会表现出变色的症状，通常是从小的侧根或根尖开始变色，根系产生淡褐色的损伤，导致根的外层开始腐烂，只剩下很细的根的内层髓心。随着进一步发展，根系变成暗褐色甚至到黑色，且浸透水分。轻轻冲洗根系，则腐烂的病根很容易被冲掉。在无土介质中也能发现腐霉菌，经加热消毒的土壤和无土介质都可很容易感染上腐霉菌。
使用不洁的工具、花盆等；人或宠物在混合介质上行走；在未经彻底清扫的种植床或上盆区地面上倾倒混合介质；某些飞虫也能引起腐霉菌在温室间的传播。土壤在消毒时，如果消毒时间太长或温度太高，那么这样的土壤一旦感染上腐霉菌，则会造成更为严重的根腐现象，因为这时的腐霉菌几乎没有“天敌”。
一旦根部开始腐烂，腐霉菌就很难控制，因此必须以预防为主。措施是先将土壤加热至82℃，并保持该温度30分钟，时间太长或温度过高会将基质中有益生物也杀死，然后将消毒过的土壤进行遮盖和储藏，并防止其和未消毒的土壤接触受感染。商业用无土介质的贮藏也应特别注意这一点。如果用水塘水或流水灌溉，需注意入水管不应放置太深，以防水下部沉积物被吸入管内。如果灌溉水被腐霉菌污染，应在使用前对水进行消毒。对涨落潮灌溉系统的蓄水池要进行遮盖，防止植物残片进入。另外，对回流水进行过滤处理，以去除水中土壤和植物残片，使蓄水池免受腐霉菌污染。
二、丝核菌
大多数的盆栽花卉容易受丝核菌的侵染产生根腐病。这种病菌广泛存在于未经过蒸汽消毒或药物熏蒸的土壤中。这种病原菌很容易通过显微镜来识别，因为其菌丝分枝成典型的直角。尽管它不能产生可经空气传播的孢子或游动孢子，但丝核菌能够产生一种坚硬的休眠状态结构，叫做硬化孢子，能够在植物残体或土壤中存活多年。丝核菌很容易通过花盆或其他设备工具从一个地方传播到其他地方。丝核菌能够使根系、根茎甚至地上部分都产生伤害。最初，病根的发展是不连续的，产生浅褐色到深褐色的病斑。随着病害的发展，病斑连接到一起，从而使根系腐烂死亡。与腐霉菌和疫霉菌引起的根腐病不同的是，丝核菌根腐病不出现腐烂的根系浸满水分的特征。根系被侵染后，病菌还会进一步向上侵染，引起根茎腐烂或茎部腐烂，且在病部组织常常形成纵裂。
三、疫霉菌
疫霉菌也广泛存在于未经杀菌处理过的土壤中，也可能存在于冲洗过的细沙及某些草炭介质中，为两栖性真菌，兼性寄生或腐生，绝大多数是兼性寄生。高湿环境有利于疫霉菌的生长与繁衍，其孢子囊和游动孢子可经风、雨、带菌种苗、土壤及灌溉水传播。病菌侵入寄主植物后即可产生大量孢子囊，并释放游动孢子进一步再侵染，在温湿度合适的情况下，病菌的数量迅速上升，在极短的时间内导致病害流行。疫霉菌引起的根腐也通常发生在含水量大、排水性差的情况下。
防治花卉苗木根部病害，可使用腐菌灵喷雾或灌根防治，使用时可加入生根剂，促进苗木侧根及毛细根的生长，提早吸收养分及水分，达到快速成活及健壮生长的目的。
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