有机肥充分腐熟后施用。用饼肥作基肥，必须在施前20-25天用热水或人粪尿液浸渍发酵后再施用。用含盐量较高的鸡粪作基肥，必须发酵后使用，不宜长期施用，否则会造成土壤的返碱现象，使土壤板结碱化。用秸秆作基肥，最好在使用之前2-3个月堆沤腐熟发酵后，留作冬棚施用，即使在堆肥中加入酵素菌，腐熟时间也需40-50天，因此要及早准备。
改用过磷酸钙集中施作基肥。过磷酸钙是酸性磷肥，宜施入棚土为碱性的土壤中，一般在移栽行开8厘米深沟，撒入后覆土4-5厘米，然后在浅沟内移栽作物，防止磷肥易被固定和在土壤中移动性小的弱点。
碳酸要深施。碳铵是生理酸性肥料，施后会增加土壤的酸性，破坏土壤结构，因此追肥时应在施作物根茎8-10厘米处开10厘米深沟，撒肥后用土盖严，不仅可防止挥发伤苗，而且可提高利用率10%-30%。
尿素早施深施和根外追施。棚室施用尿素应提前施和深施，一般要求是棚温在15-20℃时提前7天;棚温在20-25℃时提前5天。追肥时开 8-10厘米深沟，施后立即覆土，根据棚温施后隔5-7天浇水，使其在土壤中有足够时间氨化，供作物吸收利用，在生长期可用0.3%尿素溶液作叶面喷肥，每7天1次，每亩用肥液75-100公斤，连续2-3次。
杜绝施用含氯复合肥。绝大多数蔬菜都是忌氯作物，施用含氯复合肥容易引起蔬菜根系生长受阻，植株生长不良，严重时还会导致死苗。因此大棚蔬菜提倡施用硫基复合肥。
