商品性的好坏是制约棚室甜椒效益的关键因素之一，而整枝是提高甜椒商品性很关键的一环。
当然，提到甜椒整枝，绝大多数人都知道是3-4主枝整枝，问题在于许多菜农朋友不管品种的差异、不管植株的长势、不管整枝的时间盲目地进行着整枝管理，结果不但果实商品性没得到提高，反而产量也受到了影响。
所谓3-4主枝整枝，是指当干长至40厘米左右时，选留植株上部长势一致的3-4个枝条作为主枝，并保持这3-4个主枝均衡斜向上生长的一种植株整形方法。随着甜椒进入结果期它主要包括侧枝的摘除、果实的疏留和株形的调整三项工作。
首先是侧枝的处理。
如彩色甜椒，以采摘彩色果实为主，多以主枝结椒为主，因此在管理上要在一批果实坐下后及时摘除果实下面的侧枝，以减少营养的消耗;对于果实上面的侧枝，可根据植株的长势、田间的风光条件适当留取，在第二批果实坐住后再摘除。在果实坐住后，还要及时疏果。
以采摘青果为主的甜椒，主枝和侧枝都可结果。因此正确的整枝方法应为，在第一批果坐住后开始整枝，因为不坐果单纯进行营养生长，一般不会萌发侧枝。将果实下面的侧枝全部摘除，果实上面的侧枝要适当保留，因为还要靠这些侧枝结果，拿产量。但是若果实上部侧枝过多，田间郁蔽，光合作用受影响，产量低，可适当摘除果实上部长势弱的中间部位侧枝，保留植株外围的侧枝。
其次是果实的处理。
彩色甜椒在果实坐住后，为协调植株营养生长与生殖生长的平衡和提高彩椒的精品果率，在果实长至鹅蛋大小时还要及时疏果，疏除过大、过小、过密及病虫果、伤残果和畸形果，保证每株保留6-8个果实即可。
以采摘青果为主的甜椒，根据植株的长势原则上是多坐果、少留果、留精品果。开始至少保证每株一批果实坐果15个左右。果实坐住后，可根据果实的发育情况，选留商品率高的果实，摘除商品性差的果实，一般情况下，每株留12个果就可以。其中，侧枝上坐果后还应在果实上部留一片叶进行摘心处理，以防田间郁蔽和营养消耗。
再次是株形的调整。
随着植株的生长，受大棚空间和吊绳的影响，植株多呈纺锤形，不利于通风透光，不利于提高甜椒产量和精品果的比例。为增强田间风光性，可在果实坐住吊蔓时，采用“二行三钢丝”的吊蔓方法，使主枝呈开张角度，改善光照。即在原来种植畦上方的两行两钢丝的中间再加一行钢丝。吊蔓时可将外围的两根主枝吊在外面的钢丝上，里面的两根主枝吊到中间的钢丝上，这样主枝展开度大，通风透光改善了，利于果实生长，同时还利于防治病虫害。
