小麦拌种剂主要防治以下病虫害：一是土传病害，主要是纹枯病、全蚀病、根腐病。这些病菌在土壤中可以存活多年，在小麦拌种后种子开始萌芽时病菌就可以侵染。二是系统侵染病害，主要有杆黑粉病、散黑穗病和腥黑穗病，病菌从种子萌发侵入生长点，随小麦植株生长进行系统侵染。穗期表现危害症状。三是地下害虫，主要是蛴螬、蝼蛄和金针虫，它们在秋苗期和返青后咬食小麦根茎部，造成缺苗断垄。有效的方法是药剂拌种。四是地上害虫，主要是蚜虫、灰飞虱等。但是，目前存在许多问题：
品种繁多，市场竞争激烈：其中，销售量大，知名度高的厂家及品种有：江苏铜山县农药总厂的35%多克福悬浮种衣剂和20%克福悬浮种衣剂、天津北方种衣剂中试厂的35%多克福悬浮种衣剂、中种集团黑龙江种衣剂有限责任公司的35%、20%克福悬浮种衣剂和11%福酮种衣剂、黑龙江省八五七农场化工厂的35%、30%多克福悬浮种衣剂和20%福克悬浮种衣剂、北农涿州种衣剂有限公司的35%多克福悬浮种衣剂、30%多福克悬浮种衣剂。此外，新发展、应用的有3911拌种剂、辛硫磷拌种剂、乐斯本拌种剂、丁硫克百威、吡虫啉、二嗪磷、烯唑醇、三唑酮、多效唑拌种剂等等。
配方较为单一，防治效果难以令人十分满意：目前推广使用的种衣剂品种虽多，但配方以克百威(呋喃丹)+多菌灵+福美双，含量有35%、30%和25%;及克百威(呋喃丹)+福美双，含量有20%和15%等配方为主，这类产品占种衣剂总量的80%以上。近年来，吡虫啉类用于小麦拌种，已得到大面积推广。出厂价大有的在几毛到二十元不等，农民对价格相对敏感，这么大的价格差距对小麦拌种剂的发展和科技含量提高起到了一定的制约作用。一些含有唑类杀菌剂的种衣剂，由于播种过深或者干旱，常常影响出苗和幼苗生长不良，令人头痛。
种衣剂使用趋于规范，但市场销售监管不力：经过多年的推广宣传，种衣剂的生产使用技术已经逐步不到得到规范，但是仍有少数厂家将未登记，或者借证套证屡禁不止。随着新技术的不断更新，吡虫啉用于防治蚜虫得到大面积推广，许多厂家跟风跟进，技术不过关，或者以假充真销售伪劣产品，不仅达不到预期的防治效果，而且造成药剂浪费，增加了生产成本，甚至发生药害，造成种子不出苗，给农业生产带来很大损失。
高毒种衣剂继续替代：高毒种衣剂依然有很大的市场，不利于农民身体健康。
