(1)选用抗病品种：品种间对本病的抗性有明显差异。目前生产上常用的抗病品种有中单2号、中单14号、中单12号、辽单18号、丹玉13号、陕单9号、豫玉2号、豫玉11号等。
(2)实行轮作、深耕：连作多年易使土壤中菌量增多，发病重。实行3年以上轮作，基本上可消灭土壤中病的为害。另外，深翻土壤，将病菌孢子压倒播种层以下，再减少菌源，减轻发病。
(3)早期拔出病株：在病穗白膜未破裂之前拔除病株，并把病株拿出地外深埋或烧毁，以免病菌落入土中。
(4)药剂防治：此病是苗期一次性侵染的病害，在苗期利用药剂预防病菌的侵入，将会有效地控制本病的发生。
第一，用25%的粉锈宁或羟锈宁，按0.3%剂量拌种，防治效果可达90%左右。也可用玉米糊作粘着剂增加药效。
第二，用70%五氯硝基苯做成含药量不超过0.7%的药土，播种时覆种效果较好。
第三，利用种子衣剂防病。目前生产上有多种种子包衣剂，可有效地防治病虫害。据吉林省四平市农业科学研究所报道，玉米种子包衣处理后，对丝黑穗病的防治效果可达63.3%-87.3%。
