应以栽培防病为主，辅以药剂防治。一般可结合防治纹枯病同时进行，栽培防病措施可参照纹枯病，但秆腐病与纹枯病也有所不同，故防治上应注意下述几点：
(1)在药剂防治上应把防虫与控病结合起来进行，彻底防除飞虱和叶蝉，可有效减轻病害。在分蘖至拔节期、孕穗至始穗期和灌浆期视病情虫情和苗情，分别喷药各一次，着重喷施植株中下部。药剂可选用16%噻井悬浮剂(杀虫剂噻嗪酮与杀菌剂井岗霉素混剂)800~1000倍液，22%双井水剂(杀虫双与井岗霉素混剂)300~400倍液，40%稻瘟净或异稻瘟净乳油600~800倍液，50%多菌灵可湿性粉600~1000倍液，或70%托布津可湿性粉 1000倍液。
(2)在水分管理上注意防止稻株生育后期田水落干过早、过重，以免促进病情的发展。
(3)为减少菌源，对重病田尽量做到齐泥低割，不留禾头;病秆尽早烧掉。
(4)选育抗病品种，在广东，“科白北”田间抗病性表现明显;“艮丹红”人工接种表现高度抗病，可作为抗源加以利用。
