烟草黑胫病菌在病原菌分类学上属于藻物界、鞭毛菌亚门、卵菌纲、霜霉目、疫霉菌属。近年来国内注册登记用于防治烟草黑胫病的杀菌剂有甲霜灵、三乙磷酸铝、霜霉威、噁霜灵、烯酰吗啉、氟吗啉的单剂及与代森锰锌的混剂，并有敌磺钠、氯化苦(土壤熏蒸)及枯草芽孢杆菌获得注册登记，上述药剂对烟草黑胫病的防治效果都较好。据有关资料介绍，微生物制剂荧光假单胞菌用于防治黑胫病效果较好。
烟草黑胫病的防治没有很好的单一防治措施，在病害发生后也缺乏特别有效的防治方法，要坚持“预防为主、综合防治”的植保方针，侧重预防，并掌握好用药的方法。上述所列药剂使用方法为土壤熏蒸、穴施、浇灌或喷淋，若进行浇灌或喷淋茎基部，为保证效果，需确保每株用水量在50毫升左右。
霜脲·锰锌为霜脲氰与代森锰锌的混剂，霜脲氰的杀菌谱与甲霜灵相同，对疫霉菌有效，与甲霜灵、噁霜灵等之间无交互抗性，与代森锰锌混用后增效明显，持效期得以延长，可以用于黑胫病的防治。
烟草赤星病为为兼性腐生菌，属于半知菌亚门链格孢属。当前，登记用于防治赤星病的杀菌剂有代森锰锌、多抗霉素、春雷霉素、咪鲜胺锰盐、咪鲜胺、异菌脲、三氯异氰尿酸、氯溴异氰尿酸、噁霉灵、络氨铜、腈菌唑、王铜、菌核净，这些药剂对赤星病都有较好的防治效果。
