选用优良脱毒菌种，是保证菌种不带任何病毒病菌、确保菌丝健壮、提高菌丝抗性的有效措施。脱毒菌种，系采用先进的尖端分离培养技术，历经菌丝至勘探基或子实体的四全循环的脱毒操作，培育出来的菌种。脱毒菌种除保持原菌株的生物特性外，其自身不携带任何病毒病菌是其优势之一;由于在脱毒过程中人为调控基质及温度，又使其大大提高了对外界条件的适应性及抗逆性，这是脱毒菌种的优势之二;脱毒过程的同时又是一个恶劣条件下的驯化过程，使菌种自一开始就生长在相对环境中，在逐渐的生长发育过程中自然增强抗性、提高抗病性，这是脱毒菌种的优势之三。综合结果表明，使用脱毒菌种的综合发病率下降60%以上，从而为栽培生产奠定了良好的基础。
严格菇棚及栽培环境中的消毒处理，是消灭残存病毒病菌的主要手段。栽培菇棚，尤其是老菇棚，由于长期栽培形成的易病条件和栽培中病害的遗留菌丝、孢子等，再次栽培时极易形成危害，这也就是为什么老菇棚栽培产量低、病害严重的主要原因。首先，清理菇棚周边环境，诸如粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草类一并清除，多次喷洒500倍左右的杀菌剂多菌灵类杀菌剂药物，以彻底清洁环境。其次，对老菇棚应予刮除墙皮，有条件时可将地表铲除1厘米左右，基后兑制50倍蘑菇祛病王溶液，对棚内进行地毯式喷洒，即使墙体、边角、立柱、通风孔等亦应喷洒药物，不留任何死角，揭去棚膜上的覆盖物，令其暴晒，约5～7天即可启用。该项措施能够较彻底地杀灭棚内病毒、病原菌，其基本原理是：蘑菇祛病王是一种杀菌抑菌剂的复配药物，对病毒病菌有着较强的杀伤力。也可使用10倍强优戊二醛溶液、200倍金星消毒液，生产中尽管甲醛的刺激性较大，但配制多甲溶液喷洒杀菌的效果亦很好，一般可按多菌灵：甲醛：水为1：2：100的比例，如果上季栽培时病害较重可适当加大农药浓度。最后，对原发病害严重的菇棚，可拆除上层架杆、塑膜等物，棚内堆以秸秆杂草，点燃焚烧，将草灰翻入土层中，重新架杆覆膜，再施以药物喷洒，效果很好，该法采用物理化学结合方式进行杀菌，相对要彻底一些。但具体操作时应选择无风天气，并备有适当的灭火手段，菇棚集中区域应统一行动，此外靠近村庄、建筑物的菇棚不要采用该法，以免发生火险。
对覆土材料进行有效处理，是防止带病进棚的重要环节。覆土材料的杀菌处理，我们倾向于暴晒、药物、堆闷的办法，选择覆土材料后，在硬化地面进行暴晒，随着翻动，使土粒保持在0.5厘米以下的粒度，多为粉末状，配制100倍蘑菇祛病王溶液边喷边拌，反复2次，建棚后覆膜进行堆闷，效果极好。
基料处理要严格，这是确保“不带病进棚”的关键环节。该阶段包括干料的暴晒处理，堆酵处理的均匀一致和装袋播种的规范化、熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前应配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋逐浸洗一遍后再进棚。
菇棚内经常喷洒杀菌抑菌药物，是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施药物，以达预防病害之目的。由于棚内相对密闭，通气相对较差，加之空气湿度偏高和温度较恒定，故可诱使病害的发生。
将病害消灭在萌芽之中。初发之时，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。对初发病害，应下狠心进行彻底处理对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷，方法是;建堆后，用稀泥巴将料土堆封堆，令其自然发酵、产热，杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
有效防止和杀灭害虫，也是防治病虫害的重要措施之一。大多害虫往往携带大量病菌，一旦进棚，即可形成“病源”，到处传播，形成蔓延，因此在防治病害的时候，万不可忽视对虫害的控制和杀灭。主要措施有：清理外部环境，喷施高效低毒药物控制虫源;菇棚门口撒施2米以上石灰过道，以防爬虫类进入;通风口、门口封挂防虫网，以防飞虫类进入;发现虫害后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。对菇蚊蝇类，可在出菇间歇期喷洒灭害灵类即可杀灭;也可配制糖醋液诱杀，按高度白酒：糖：醋：水为1：2：3：4的比例配好后，加生产方式3～4滴DDV液，盛于容器，成虫趋味飞入，即可杀死。
