一、定植前：搞好棚室的消毒工作，合理施用基肥
在前茬作物拉秧后，要及时清洁田园，并进行杀虫灭菌。在时间允许的情况下可以使用高温焖棚、溴甲烷熏棚等方法处理棚室，在北郭、北夏一带，由于休棚期只有1个多月，时间较紧，可以考虑结合整地施肥进行土壤灭菌杀虫，如亩施用敌克松6公斤均匀施入土壤耕作层，可有效的防止疫霉菌根腐病的发生。
在使用基肥方面，很多菜农都知道基肥不腐熟会产生烧根、熏苗、病虫害增加等问题，但是在实际生产中还有部分菜农仍然施用不腐熟的鸡粪做基肥，这是造成秋茬西红柿定植后难管理的重要因素之一，应当坚决杜绝这种不良习惯。如果是因为时间的关系没有时间使鸡粪充分腐熟，可以使用活性菌快速腐熟法，将有机发酵菌对水后均匀的喷施在鸡粪上，不仅能够在短时间内使鸡粪充分腐熟，还能在一定程度上除臭。
二、定植时：穴施药剂防病治虫
秋茬西红柿定植期处于高温多雨季节，茎基腐病、疫霉根腐病、青枯病等土传病害发生较重，因此提醒菜农应“以防为主，防治结合”。定植时可以使用穴施化学药剂的方法进行预防，如在定植时穴施向农4号、多菌灵等药剂预防上述病害的发生。
有线虫为害的棚室还应结合穴施福气多、沃尔沃等灭线药剂进行防治。
三、定植后：防高温、防病虫、防雨水灌棚
可以采用“两网一膜”覆盖栽培方法防高温、防虫害、防雨水。应注意遮阳网的合理使用问题，以免遮阳网覆盖时间过长使蔬菜光照不足造成植株徒长，茎细长等症状。正确使用遮阳网的时间为：晴天上午十点左右到下午三点左右。而防虫网的使用就存在着一定问题，在高温季节，通风降温是重要的工作，但是若在前脸放风口和顶端放风口全部使用防虫网，则不利于通风降温，因此在高温期间，防虫网只适合在前脸放风口使用。由于顶部放风口无法使用防虫网，而此时的白粉虱、潜叶蝇、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等虫害严重，增加了防治难度。建议使用物理防治和化学防治相结合的方法进行防治。
病害主要以病毒病、茎基腐病、青枯病为主，病毒病可以使用病毒A、病毒灵等药剂进行防治;茎基腐病、青枯病可以通过灌根的方法来解决，可以使用50%的DT可湿性粉剂500倍混加800倍的丰收一号进行灌根，每株0.5升左右。
另外，还要严防雨水灌棚造成秋茬西红柿烂根死棵，如果雨水灌棚后要及时用井水浇灌，即“涝浇园”。以减轻雨水灌棚后的为害，并要适时进行划锄，增强土壤透气性，促进根系生长。
