1、轮作或土壤消毒
与非瓜类作物实行3～4年的轮作。不能轮作的进行苗床消毒和大棚内硫磺粉熏蒸消毒。方法是在棚室定植瓜苗前10天，每立方米空间用硫磺2～3克和锯末4～5克拌均匀后，分放几处点燃，闭棚熏烟一夜。
2、栽培防治措施
施足基肥，增施磷、钾肥，培育壮苗，增强植株抗病性。起垄定植，覆盖地膜，降低棚内空气和土壤湿度。合理密植，适当去掉老叶，并注意大棚增光和通风。清除棚内病残体，带至棚外烧掉。
3、药剂防治
发病初期喷50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液加80%绿亨代森锰锌可湿性粉剂1000倍液，或50%绿亨灭菌星1000倍液，或80%多菌灵1000倍液，或50%黄瓜灵可湿性粉剂700倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或80%绿亨九号可湿性粉剂700倍液，或20%福清可湿性粉剂2500～3000倍液，或12.5%腈菌唑4500～5000倍液，或8%绿亨百奋微乳剂900～1000倍液，每亩田面每次喷洒药液60公斤，7～10天喷一次。除最后3种药剂在同一茬黄瓜中只能喷施2次外，其他药剂均可交替使用，连续防治3～4次。注意后三种药，要严格掌握施药浓度，一茬作物只能喷2次，以防发生药害。
4、严格检疫，杜绝带病瓜果和种子传入
注意不要从病区引种引苗。一旦发现黑星病株，及时拔除，连同残蔓败叶一起带出棚外烧掉。不使用发现有黑星病的棚室保护地育苗。
5、对种子进行消毒处理
可用50℃恒温水浸种15分钟后，再用50%多菌灵700倍液浸泡种子1小时;最好用有效成分0.1%的多菌灵盐酸盐溶液浸种1小时，再在清水中浸泡3～4小时，然后以清水冲洗后播种。
