一、银杏茎腐病
该病在夏季炎热地区常有发生，尤以长江以南地区更为普遍，危害严重的苗木死亡率达90%以上。一年生苗木初病时，茎基部变污褐色。叶片失去正常绿色，稍向下垂。以后病部包围茎基，并迅速向上扩展引起全株死亡，叶片下垂不脱落。苗木枯死后3天至5天，茎上病部皮层稍皱缩，皮内组织呈海绵状或粉末状，浅灰色，其中生有许多黑色小菌核。拔起病苗，根部皮层脱落留在土中，二年生苗，感病后，有的地上部枯死，根部仍保持健康，当年仍能萌发新芽。夏秋苗木因高温而受到损伤是发病的诱因，一般在梅雨季结束后10天左右开始发病，9月份以后病害停止发展。其致病病菌在30℃至35℃的条件下生长繁殖速度快。土壤粘重、透气性差、苗床太低、苗木生长较弱、地势低洼积水，都可使该病流行成灾。
夏秋季架设遮阴棚，可降低土温，但遮荫时间不宜过长，不使影响银杏苗木的生长，才能达到较好的效果。用有机肥料作基肥，可促进苗木生长，增强抗病力，抑制病菌的生长和蔓延。用其他抗病植物与银杏苗间作，也是一种防治途径。在发病前后，采用1：70倍硫酸亚铁水灌根，可有效控制病菌侵入，又可中和碱性土壤，消除土壤中多种病菌蔓延，化学药剂可选用400克/升氟哇唑乳油(又名贵星)8000倍至10000倍液，或62。25%代森锰锌腈菌口供可湿性粉剂(又名星洁)600倍液，或10%多抗霉素B可湿性粉剂(又名宝抗)800倍液，均匀喷洒在幼苗或成龄银杏叶片上。
二、银杏早期黄化病
银杏感病后，常常表现为提前大量落叶。病害发生时，叶面先端边缘开始失绿呈现浅黄色，有光泽，然后逐步向叶基部扩展，最后导致整个叶片黄化。7月中旬至8月下旬树枝中部叶片颜色逐步转为褐色、灰色，呈枯死状，后逐渐蔓延大量落叶。该病首先出现在叶片上。其致病原因主要是土壤含水量过高或水分不足，导致根系生长不良;土壤瘠薄板结，通气不良;地下害虫或人为因素使根系受到伤害;苗木密度过大，通风诱光不良等。
及时防治蛴螬、蝼蛄等地下害虫。及时松土除草，排水灌水。注意保护苗木不受损伤，栽植时防止窝根。如土壤缺乏锌、硼等微量元素，可对病株基部泼浇或开小沟浇灌多效锌或微量元素的混合液。要及时查清原因，有针对性地采取有效措施。
三、银杏叶枯病
该病属真菌性病害，多在7月至8月发生，5月至6月也有出现。多见于3年至4年生幼树，在1年生小苗和较大的树上也有发现，无论大树和小树，其发病部位都在当年抽生的嫩枝顶端，以主干为主，侧枝有时也会发生。自6月开始，感病指数逐月上升，8月最高，此后感病指数会逐渐下降，随着气温的下降和植物生长期的结束，病株感病也逐渐停止。病害开始发生时，只在叶缘出现灰褐色斑点，继而连接叶片，并由外向内逐渐发展，直至整个叶片变为褐色，枯焦而亡。此后，随着时间推移，病株的患病枝条会越来越长，褐色枯叶越来越多，严重时整株树叶全部脱落，树冠光秃，甚至一些嫩枝也会枯干而死。据观察，在同一条件下，大树比小树抗病;同龄大树，雌树由于大量结果消耗养分较多，抗病力下降，发病率常高出雄树。
对发生银杏叶枯病的树木，应在发病后和初冬落叶后集中清理病残体。平时要加强肥水管理，杜绝与松树、水杉间作，防止雌株过量结果，及时防治地下害虫。化学防治应在发病初期用40%多菌灵悬浮剂500倍液向树冠喷雾;8月至9月份发病盛期，可用70%代森锰锌可湿性粉剂600倍至800倍液喷雾，每隔15天至20天喷1次;后期适当喷1：2：200的波尔多液保护。
