种蛋选择后，经过消毒，即可贮存。一般开产最初2周的种蛋不宜孵化。贮存的要求有：
1.适宜温度。种蛋对多变的温度敏感，因为蛋产出母体后，胚胎发育暂时停止，随后在一定的外界环境下又开始发育。当环境温度偏高，但不是胚胎发育的适宜温度（37.8℃）时，胚胎发育是不完全和不稳定的，容易引起胚胎早期死亡。当环境温度长时间偏低时，如0℃，虽然胚胎发育处于静止状态，但胚胎活力严重下降，甚至死亡。种蛋保存的温度一般为鸡胎发育的生理临界温度23.9℃以下，根据贮存时间长短，选用不同的温度。4天内孵化的一般保存于13℃-18℃。
2.湿度。种蛋保存期间，蛋内水分通过气孔不断蒸发，其速度与贮存室里的湿度成反比。一般相对湿度保持在75%-80%，这样既能明显减缓蛋内水分的蒸发，又可防止霉菌滋生。
3.保存时间。种蛋即使在适宜的环境下，也会随着保存时间的延长，其蛋白杀菌的特性逐渐下降，蛋内水分逐渐蒸发，蛋白pH值升高引起系带和蛋黄膜变脆。同时，由于蛋内各种酶的活动，也会引起胚胎衰弱及营养物质变性，降低胚胎活力，最终影响孵化率。而且新鲜蛋一般不立即孵化，因为孵化未经贮存即入孵的新鲜蛋，可能会使发育中的胚盘处于适宜的离子梯度及浓稠的蛋白环境中，不仅妨碍气体的扩散，还会限制养分的吸收，导致孵化初期胚胎的死亡明显增多。贮存期过长，因蛋内蛋白质质量过低等原因，死胚率也会增加。一般种蛋保存在2周以内，5-7天为宜。温度在25℃，种蛋保存不超过5天；30℃以上，种蛋应在3天内入孵。
4.保存方法。种蛋贮存3天以内，应小头向下；贮存期超过3天，宜小头向上。
