此病主要发生在以草鱼养殖为主的精养鱼糖内，由于精养鱼糖都追求较高的亩产量，使得养殖池塘内的鱼种放养密度增大。在饲养过程中，为促使草鱼加快生长并增高产量，就必须投喂大量的商品饲料与青饲料，饲料投放后极大部分会被鱼类摄取，但还会产生少量的饲料残屑留置于水体中；再者，被鱼类摄取的饲料经鱼体消化吸收后产生大量的粪便和有机残屑，水体中的大量有机碎屑、粪便以及悬浮物能滋生有害的微生物细菌，对水体水质造成危害。当池塘养殖至中后期时，池塘内水质已发生了变质，鱼类长期在此水体中生长、生存，通过鳃器呼吸获取氧气，将水体中的悬浮物和有害细菌黏附在鳃丝上，使有害细菌侵袭，久而久之就会导致鱼类细菌烂鳃病的发生。
为预防此病发生，一定要根据实际情况，掌握合理的鱼类放养密度与搭配比例，不要盲目追求亩产量与主食鱼的单位产量，否则超过池塘水体的自然净化存载率，则会导致池塘水质加速老化与恶变。一般来讲，精养鱼糖当水温达到25℃时（5月中下旬），要彻底进行一次注换新水，准备进入南方大区的梅雨季节。随着养殖期的发展，以后每半个月做一次注换新水与池塘水体消毒工作，消毒药物可用生石灰，每亩水体20-50公斤，漂白粉1PPM浓度，进行全池喷洒即可，切勿等到鱼类发生疾病时再进行治疗工作，必须以防为主，如此才能避免草鱼烂鳃病的发生。
