双孢菇栽培过程中和其他食用菌最大的不同是需要覆土。不覆土则不出菇或很少出菇。双孢菇在栽培条件下，由菌丝体的生长转向子实体的发育过程，覆土是一个重要的诱导因素。覆土在双孢菇生长过程中的作用如下：
一是覆土层在料面可以造成一个温湿度较为稳定的小气候，有利于菌蕾的形成。覆土以后，使裸露的料面增加了一层保护层，既能缓和温度的变化，又能降低水分的蒸发，使得土层内有一个较为稳定的小气候环境。
二是覆土后改变了料面和土层二氧化碳和氧气的比例，促进菌丝扭结成子实体。蘑菇菌丝体和子实体对二氧化碳的耐受力是有差异的。覆土以后引起料面和土层中二氧化碳含量的变化，从而控制蘑菇菌丝在土层中的生长，使之及时形成菌蕾。
三是覆土后改变了营养条件，促进菌丝在营养较差的土层中由营养生长转向生殖生长。蘑菇菌丝在营养丰富的培养料内生长旺盛，当生长到覆土层时由于营养成分含量甚微，生长就受抑制，从而转向生殖发育而结菇。
四是覆土对料表菌丝的物理性刺激作用，可促进子实体的形成。这种物理刺激有利于蘑菇菌丝的扭结和分化。
五是覆土层可随时供给蘑菇生长所需的大量水分。蘑菇生长发育过程中的周期性变化，较其他食用菌更为突出明显。因此出菇旺期需要补充大量的水分，供蘑菇吸收。假如没有土层，料面难以承受这样的大量的水分，而土层既能吸收贮存这样多的水分，空隙间又有足够的空气供蘑菇吸收，因而能维持蘑菇的正常生长发育。
六是覆土层可支持蘑菇子实体的正常生长。蘑菇子实体在裸露的料面上无法正常直立生长，而覆土层却起到了一种支撑子实体生长的作用。
