依托云南省生物技术与种质资源研究所建立的云南省农业生物技术重点实验室，程在全研究员团队长期聚焦元江普通野生稻渗入系创制及其应用的科学研究，攻克了野生稻发掘利用的一系列技术难题。团队创制了国内外首个以粳型（合系35号）为遗传背景的元江普通野生稻高质量渗入系库，取得了显著经济效益，对推进科技进步、技术创新和保障粮食安全具有重大意义。
水稻育种事关粮食安全和农业可持续发展，但面临遗传基础狭窄、育种效率低、气候变暖、病虫害加重等重大问题。元江普通野生稻是改良栽培稻的宝贵基因库，但由于存在对其遗传背景研究认识少、远缘杂交不亲和、杂交后代不育、疯狂分离、种质创新和育种效率低等一系列技术难题，制约着其发掘和利用。
在程在全研究员的带领下，云南省农业生物技术重点实验室经过多年试验研究，创制了元江普通野生稻高质量渗入系库。该库包括4006份表型和遗传变异丰富的BC2F12渗入系，种质创新成效显著。渗入片段全覆盖元江普通野生稻基因组，总和达其5.16倍，大大拓宽了栽培稻尤其是粳稻的遗传基础。这些渗入系是解析野生稻重要性状基因、研究水稻演化和育种应用的重要种质创新工具材料，价值巨大。从渗入系中选育出综合农艺性状优异的籼、粳优良中间亲本63个，籼型和粳型新品系15个，新品种3个（1粳、2籼）。提供种质创新渗入系740份（次）给全国16个单位用于水稻研究和育种。新品系和新品种具有野生稻血缘，抗白叶枯病和稻瘟病、适应性广、产量潜力大、米质优，推广应用潜力巨大。该方法育成的新品种近3年累计示范推广259.50万亩，新增产值10.22亿元，经济社会效益显著。
