棉花合理施肥就是依据棉花养分吸收特点，结合土壤肥力状况和环境条件，以及棉花长相长势运筹肥料，达到优质、高产、高效的目的。
1、基肥：棉花生长期长，根系分布深而广，对基肥要求较高。基肥以腐熟有机肥为主，有机、无机配合，一般每667平方米施有机肥1500~2500千克，高产棉田施有机肥4000~5000千克，过磷酸钙20~50千克。
2、苗肥：一般占总施肥量的15%左右。每667平方米追施尿素3千克、过磷酸钙10~15千克。
3、蕾肥：蕾肥要稳施、巧施。坚持有机肥料，氮、磷、钾化肥配合施用的原则。蕾肥一般在现蕾初期施用，每667平方米施饼肥20~50千克、尿素5千克。结合中耕开沟施入土中。
4、花铃肥：花铃期是棉花生长发育最关键的时期，也是需肥量最大的时期。根据棉花的生长态势和土壤肥力状况，花铃肥可分3次追施。第一次为初花肥，以有机肥和磷、钾肥为主，通常每667平方米用人畜粪水1000千克左右、磷肥10千克、饼肥10~15千克。结合中耕、开沟施入土中。第二次为盛花肥，在初花肥施后20天左右追施，一般每667平方米用尿素5千克、磷肥7千克、钾肥5千克左右。第三次为秋桃肥，也叫“盖顶肥”，每667平方米可施尿素3~4千克。当然，花铃肥是否分3次追施，主要根据棉田长势而定，对徒长棉田或肥沃的棉田，应少施或减少施肥次数。
5、微肥的施用：我国长江中、下游的部分棉区，土壤有效硼含量偏低，棉花普遍缺硼，施硼效果明显，通常在棉花苗期到花期用0.1%~0.2%硼砂溶液连续喷2~3次即可。北方棉区，棉花容易缺锌，可以用0.2%锌肥溶液在蕾期和花铃期叶面喷施，也可每667平方米基施1千克左右的锌肥，均能收到良好的效果。
