专家一直在研究北美果园苹果幼树频繁死亡的原因，近几年该问题已对美国苹果业构成严重威胁。《科学》杂志发表的一篇文章对各种猜测进行了汇总。
6年前，植物病理学家卡莉·彼得（Kari Peter）在查看位于宾夕法尼亚州的果园时首次发现苹果幼树死亡病例。一年后，美国和加拿大多地开始传来苹果树大量死亡的消息，此后，每年春天果农们都会遭遇新的损失。
最近发表在《PLOS ONE》杂志上的一篇研究报告指出，这种情况主要是天气因素导致：干旱和凛冽的春寒。死亡苹果树存在的一个普遍症状是接穗与砧木连接处组织坏死。嫁接是栽培苹果树的唯一方法，因为种子繁殖无法保留其优良特性，但嫁接处极易受冻。植物病理学家阿韦斯·卡恩（Awais Khan）和他的同事发现，纽约受灾果园中的苹果树坏死组织位于嫁接处稍稍往下的地方。他们怀疑，这是因为2014-2015年冬季极其寒冷，并引发了干旱。组织坏死会使苹果树变得“虚弱”，让害虫和病原体有机可乘。但专家也承认，他们未能在受害果树和附近土壤中找到任何已知的害虫或病原体。
其他地区的资料也未能证实这一假设。加拿大土壤学家汤姆·福吉（Tom Forge）称，不列颠哥伦比亚省于2018年夏天出现苹果树死亡现象，而在此之前冬季一直很温和，而且受灾果园的灌溉工作也做得很好。
另外，有资料显示，苹果树死亡与砧木类型或除草剂的使用情况有关。因为嫁接矮化砧M9的苹果树死亡最多，这种砧木的组织在秋季“入睡”较慢。而且杂草很少，即更频繁地使用除草剂的果园中也常有果树死亡。
有两个研究团队同时发现死亡苹果树中有此前未知的病毒。他们开始用健康树苗做实验，使其感染此类病毒，以确定此类病毒是否就是杀死苹果树的元凶。但得到这个答案可能要等五年时间。
北卡罗来纳大学正在验证另一个猜测，即象鼻虫科的几种甲虫在虚弱的果树上打洞，在木头上养霉菌，以喂养幼虫。
最后，有人认为，苹果幼苗死亡可能是集约化种植导致。现在，越来越多的果农选择密集种植，如果说之前每公顷株数为250，如今已达到1200或者更多。这样虽然便于护理和采摘，但苹果树在水分和营养物质竞争激烈的环境下生长，会导致其根系结构发生变化。
