深冬季节，大棚施用肥料过勤、数量过大，会造成土壤板结，瓜菜烂根、沤根，植株萎蔫等现象。要想避免上述不良现象，就要注意改良土壤，在施用过程中，必须注意以下8要点：
一、根据田间状况选用。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二、根据土壤墒情施用。施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于5℃，施用效果较差。高温、低温、干旱条件下不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度，以60%左右为宜，即见干见湿的土壤最为适宜。
三、不能和其他农药混用，防止活菌致死。注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
四、与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
五、用法用量要合理。对于多年来施用化肥的田块，施用了生物菌肥也不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
六、施用时间要合理。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法。作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
七、调节土壤酸碱度。资料表明:土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖。菜农可根据自己土壤的情况进行改造,让土壤pH值达到6.5～7.5,保证生物菌大量繁殖。另外,生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的,如果土壤中的有机肥施用不足,那么它是分解不出养分来的。因此,蔬菜定植前,一定要注意施足有机肥,一般每亩地施用5000公斤左右。
八、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
