哺乳仔猪胃底腺不发达，胃液分泌量少且不稳定，分泌盐酸能力较差，胃内缺乏游离盐酸，PH值过高，胃内PH≥4，胃蛋白酶活性受到影响，不利于蛋白质消化。仔猪达到8～10周龄时才能达到成年猪胃内酸度PH2～3. 5的水平。但仔猪消化道体积重量等发育较快，有报道称仔猪胃重和容积在25日龄内迅速发育，肠道细胞组织学观察肠绒毛呈长而细，绒毛高度随日龄增加而下降，十二指肠肠绒毛高于空、回肠。出生第1天可见肠腺，以后腺细胞不断增长、体积增大、腺窝也随日龄而逐渐增加。
断奶后，仔猪消化系统小肠细胞的形态结构发生显著变化，由于断奶仔猪不得不由从采食易消化的液态食物转化为含有大量谷物原料的固体饲料，在日粮干物质的高机械磨损作用下，小肠绒毛快速变短，断奶后几周内小肠绒毛由高密度手指状变成平舌状，绒毛萎缩，隐窝加深。导致消化吸收面积变小，营养不能被有效吸收，而肠道内丰富的营养、适宜的温度和温和的酸碱度为有害细菌提供了繁殖条件，而有害菌的生长又产生了大量的毒素(氨和胺类等)，对动物产生毒性和药理活性作用，使腹泻加剧。
1.2 哺乳仔猪消化酶系不完善，早期断奶影响消化酶分泌及活性
哺乳仔猪消化酶系不完善并且出生几周内变化较快，表现为乳糖酶以及与消化母乳中糖类的有关酶的活性在出生后2～3周时达到顶峰，然后又很快下降。淀粉酶及消化淀粉和碳水化合物有关酶的活性在出生时很低，随后逐渐上升。凝乳酶在初生时活性较高，1～2周龄达到高峰，以后随日龄增加而下降，其他蛋白酶活性很低。胃蛋白酶原虽在仔猪出生时便可检测到，并且浓度在3～6周内不断增加，但是由于仔猪胃底腺不发达，盐酸分泌能力差，胃蛋白酶原不能被激活，因此其作用般在20日龄后才能表现出来。
仔猪
哺乳仔猪肠腺、胰腺发育比较完全，能分泌消化母乳的多种消化酶，其中胰蛋白酶、胰脂肪酶和肠液中的乳糖酶含量很高，可较好的消化母乳中的脂肪和蛋白质，但对饲料中的植物性蛋白较难适应。断奶后肠道形态的变化会使绒毛刷状缘酶(如乳糖酶、蔗糖酶、异麦芽糖酶和α-葡萄糖苷酶)活性降低，消化道吸收能力降低，这些变化可导致肠道营养物质消化和吸收不良。仔猪在0～4周龄期间，胃蛋白酶、胰脂肪酶、胰淀粉酶、胰蛋白酶活性成倍增长，4周龄断奶后一周内各种消化酶活性降低到断奶前的三分之一。断奶后仔猪消化酶活性下降，导致仔猪常不能适应以植物为主的饲料，这也是仔猪断奶后1～2周期间消化不良、生长受抑的重要原因。
1.3 断奶仔猪免疫力弱，抗病力差
由于胎盘屏障作用，胎儿时期仔猪不能通过血液从母体吸收免疫球蛋白等大分子物质，故初生不具备先天免疫能力。主要通过母乳获得免疫球蛋白，这些免疫球蛋白保证了仔猪健康成长。初乳含免疫球蛋白7%，而常乳只含0.5%.所以初乳是仔猪不可替代的食物。仔猪10日龄以后才开始自产免疫抗体，形成主动免疫，随着曰龄的增长从母体所获得的抗体量逐渐下降，到6周龄以后主要靠自身合成抗体。2～6周龄期间为被动免疫向主动免疫的过渡期，在此期间断奶可使仔猪体内循环抗体水平降低，细胞免疫受到抑制，抵抗力下降。加之受断奶应激的影响。对疾病的抵抗力下降，容易发生腹泻、下痢等疾病。
1.4 断奶后仔猪微生态系统失衡
仔猪在刚出生时，消化道是无菌的，出生后2小时内粪便中就可检测出大肠杆菌和链球菌等微生物。在出生后到自然断奶的过程中，消化道各个部位逐渐被各种细菌所占据，但并未达到应有的平衡。正常情况下，微生物区系会随着外界环境和日粮的变化而在一定的生理范围内变动，但如果波动超过正常生理范围，就会引起生态失调。研究表明，大肠杆菌、韦氏梭菌、链球菌、乳酸杆菌、拟杆菌等是乳猪胃肠道的主要菌群，而断奶后由于仔猪胃酸、消化酶分泌不足和肠黏膜损伤等原因，导致肠道大肠杆菌、链球菌、肠杆菌等有害菌大量繁殖，甚至成为优势菌，造成肠道微生态系统失调，致使使肠腔积水，上皮细胞破坏，从而导致腹泻。
哺乳仔猪的虚弱导致仔猪成活率一直是问题，传统养殖仔猪成活率仅有六成，现在中小规模养殖仔猪成活也就八成，一直是困扰养猪业的大问题。
