通过消毒，病原体被隔离在外，防患于未然。既减少了患病的几率，又给养猪户谋得最大的利益。但是，很多养殖户消毒时存在着误区和漏洞，使得消毒不彻底，反而助长了病菌的传播。
未清理
对地面和猪体要消毒前清理。未清理的地面，浸泡也需要相当时间才可浸透，一般的喷雾消毒起到的作用有限。
新饲养员
新饲养员的行李和衣物，喷雾浸泡无法进行，紫外线无法穿透，而细菌和病毒则可以钻进里面。如果这些物品有病原，对猪场危害就大了。而可以杀死这些病原的方法，只有熏蒸，并且需要足够的时间。所以，猪场如果不能提供免费生活用品，也可以再隔离间安置公用棉被，使新饲养员的棉被消毒时，仍旧有棉被可以使用。
砖块
很多消毒池，为了方便人通过，特意铺了几块砖块，这样人的鞋子可以踩着砖块通过消毒池，也就没法消毒了。
人行过道
消毒池两边的人行过道，让消毒池成了摆设。
大体积物品
大体积物品的消毒，例如脏的保温箱，如果消毒不彻底，下批猪使用时的危害是相当大的。但因为体积大，浸泡不容易，该如何消毒呢？重新刷油漆是个不错的办法。油漆的木板可防止病原渗透，也便于清洗消毒。油漆并不是每次都需要刷，一次刷漆可使用多次。
