1、碱类消毒药：包括氢氧化钠(烧碱)、生石灰及草木灰，它们都是直接或间接以碱性物质对病原微生物进行杀灭作用。消毒原理是：水解病原菌的蛋白质和核酸，破坏细菌的正常代谢，最终达到杀灭细菌的效果。
对于氢氧化钠，它对纺织品及金属制品有腐蚀性，故不宜对以上物品进行消毒，而且对于其它设备、用具在用烧碱消毒半天后，要用清水进行清洗，以免烧伤畜禽的蹄部或皮肤。
新鲜的草木灰含有氢氧化钾，通常在雨水淋湿之后，能够渗透到地面，常用对畜禽场地的消毒，特别是对野外放养场地的消毒，这种方法，既可以做到清洁场地，又能有效地杀灭病原菌。
生石灰，它在溶于水之后变成氢氧化钙，同时又产生热量，通常配成10-20%的溶液对畜禽饲养场的地板或墙壁进行消毒，另外生石灰也用于对病死畜禽无害化处理，其方法是在掩埋病死畜禽时先撒上生石灰粉，再盖上泥土，能够有效地杀死病原微生物。
2、强氧化剂型的消毒药：常用的有：过氧乙酸及高锰酸钾，它们对细菌、芽胞和真菌有强烈的杀灭作用。
过氧乙酸，消毒时可配成0.2-0.5%的浓度，对畜禽栏舍、饲料槽、用具、车辆、食品车间地面及墙壁进行喷雾消毒，也可以带畜禽消毒。
但要注意现配现用，因为容易氧化。高锰酸钾，是一种强氧化剂，遇到有机物即起氧化作用，因此，不仅可以消毒，又可以除臭，低浓度时还有收敛作用，畜禽饮用常配成0.1%的水溶液，治疗胃肠道疾病;0.5%的溶液可以消毒皮肤、粘膜和创伤，用于洗胃和使毒物氧化而分解，高浓度时对组织有刺激和腐蚀性;4%的溶液通常用来消毒饲料槽及用具，效果显着。
3、新洁尔灭：是一种阳离子表面活性剂型的消毒药，既有清洁作用，又有抗菌消毒效果，它的特点是对畜禽组织无刺激性，作用快、毒性小，对金属及橡胶均无腐蚀性，但价格较高。0.1%溶液用于器械用具的消毒，0.5-1%溶液用于手术的局部消毒。但要避免与阴离子活性剂，如肥皂等共用，否则会降低消毒的效果。
4、有机氯消毒剂：包括消特灵、菌素净及漂白粉等。它们能够杀灭细菌、芽胞、病毒及真菌，杀菌作用强，但药效持续时间不长。主要用于畜禽栏舍、栏槽及车辆等的消毒。另外，漂白粉还用于对饮水的消毒，但氯制剂有对金属有腐蚀性、久贮失效等缺点。
5、复合酚：又名消毒灵、农乐等，可以杀灭细菌、病毒和霉菌，对多种寄生虫卵也有杀灭效果。主要用于畜禽栏舍、设备器械、场地的消毒，杀菌作用强，通常施药一次后，药效可维持5-7天。但注意不能与碱性药物或其它消毒药混合使用。
6、双链季胺酸盐类消毒药：如百毒杀，它是一种新型的消毒药，具有性质比较稳定，安全性好，无刺激性和腐蚀性等特点。能够迅速杀灭病毒、细菌、霉菌、真菌及藻类致病微生物，药效持续时间约为10天左右，适合于饲养场地、栏舍、用具、饮水器、车辆、孵化机及种蛋的消毒，另外也可用于对存有活畜、禽场地的消毒。
7、碘类消毒剂：对细菌、结核杆菌、芽胞、真菌和病毒等都有快速杀灭的作用。碘溶于乙醇中成碘酊，常用于皮肤的消毒。2%碘酊涂在皮肤上，此种浓度不致灼伤皮肤，因此临床上常用2%碘酊做为免疫、注射部位及外科手术部位皮肤，以及各种创伤或感染的皮肤或粘膜消毒。临床上常用1%浓度的碘伏，用于注射部位，手术部位的皮肤、粘膜以及创伤口，感染部位的消毒。也可以用于临产前母猪乳头、会阴部位的清洗消毒。聚维酮碘能杀灭致病的葡萄球菌、化脓性链球菌、炭疽杆菌、破伤风杆菌、巴氏杆菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、沙门氏杆菌、肺炎双球菌等，并且还能杀灭甲型、乙型肝炎病毒、副粘病毒、痘病毒等。 用于畜禽舍喷雾消毒。
