由于树木和杂草均属于高等植物，因而除草剂必须具有特殊的选择性，才能安全有效地在苗木上使用，除草剂类型和品种的不同，形成多种方式的选择性。有些除草剂本身不具备选择性，但通过恰当的使用方式也能达到安全有效的除草目的。
1．形态上的选择
苗木和杂草在形态上往往各不相同，可利用形态的差异而获得选择性，如樟子松，叶为针形并具有蜡质层，几乎垂直生于茎。当喷洒除草剂，药滴容易从针叶上滚落下来，而不容易受害；而杂草和灌木的叶片较大，又无蜡质层，且具绒毛，几乎水平着生于茎上，很容易接触和截留药液，以致受害死亡。
2．时差选择性：
一些对幼树有较强毒性的除草剂选择恰当的施药时间同样可达到安全有效地除草，而对幼苗生长无害。例如百草枯或草甘膦，用于育苗前或造林前施药，可以杀死已萌生或还正在生长的杂草，但它们在土壤中能迅速钝化，对后期育苗和造林没有任何影响。
3．位差选择性：
土壤处理除草剂对地表下不同深度的植物的毒害程度不同，可利用位差来杀表土层中的杂草，而保护根在深处的幼树。
4．生理选择性：
不同植物的茎叶或根系对除草剂吸收与输导差异而获得的选择，称为生理选择性。如果除草剂易被植物吸收与输导，则植物表现为敏感，反之植物表现为不敏感。
5．生化选择性：
不同植物通过一系列生物化学变化而产生的选择性。如除草剂本身对植物无毒，但经吸收代谢而成有毒物质则被杀死；或除草剂本身对植物有毒，但经吸收代谢而成无毒物质则被生存，上述称之为生化选择性。
6．利用保护物质获得选择性：
选择性差的除草剂，可以通过保护物质而获得选择性，例如落叶松种子，可用吸附性能强的活性炭处理，从而避免或降低氟乐灵等除草剂的药害。
7．用适当的施药技术获得选择
有些对苗木有毒的除草剂，在生产期可用定向喷雾法、防护设备、涂抺法，使药液接触不到苗木而达到用药安全的目的。
8．采用生物技术获得选择性：
抗除草剂基因导入，可使苗木有不受除草剂毒害的能力，从而获得选择性。
掌握不同除草剂的选择原理，对安全有效使用除草剂极有帮助。另外，除草剂的选择性还受到环境条件的影响，如在大豆地使用乙草胺遇到强降雨时，使乙草胺淋溶到大豆根层而产生药害。气温对土壤处理除草剂的选择性影响大，施药后如遇低温，作物出土慢，增加接触药剂时间，加之在低温下，作物降解能力低，易出现药害。作物不同品种之间对除草剂的敏感性也存在差异，如大多数大豆品种对嗪草酮具有耐药性，而合丰25、北非系列对该药则较敏感。因此，在使用除草剂时一定要考虑到作物品种间对除草剂敏感性的差异，以免发生药害。
