多菌灵化学性质稳定，可与一般杀菌剂或者生长调节剂、叶面肥混用，但与杀虫剂、杀螨剂混用时要随混随用。因为多菌灵遇到碱性物质容易分解，所以不能与石硫合剂、波尔多液以及其他铜制剂混用，以免降低药效或产生药害。
多菌灵属于特别容易产生抗性的杀菌剂之一，长期单一使用容易使病菌产生抗药性，应与其他杀菌剂轮换使用或混合使用。甲基硫菌灵与多菌灵属同一类药剂，所以不宜用它作为与多菌灵轮换使用的药剂。
土壤处理时，有时会被土壤微生物分解，降低药效。如土壤处理效果不理想，可改用其他使用方法。
安全间隔期15天。
