耐除草剂作物也并不一定完全不受除草剂的影响。美国普渡大学的园艺学教授Angus Murphy和园艺学助理教授Wendy Peer研究发现，在耐2,4-D作物上使用2,4-D可能导致作物需要更多的水和养分，他们将这一研究成果发表在了“The Plant Journal”杂志上。
除草剂2,4-D相当于一种人工合成的植物激素，具有与生长素(吲哚乙酸，IAA)相似的生理效应。通常，2,4-D主要作用于双子叶植物，可杀灭阔叶类杂草。而因2,4-D进入单子叶植物后会失活，所以高粱和玉米等单子叶植物对其有很好的抗性。科学家发现，在单子叶植物体内的2,4-D被去除活性之前，2,4-D可以将ABCB4蛋白转变成“单向摄入”模式，关闭其将生长素运出的功能，因此，随着生长素的不断积累最终导致植物的根毛变短。
科学家们表示，这种情况不仅发生在植物体内，他们在酵母，烟草和人类细胞上进行试验，发现使用2,4-D后，所有的ABCB4蛋白都被锁定在“单向摄入”模式。去除ABCB4的变异植株的根毛生长则不受2,4-D 的影响。使用2,4-D时，要密切关注其对非靶标作物的影响，应尽量避免2,4-D进入土壤，对作物产生不利影响，使得农民在种植耐2,4-D转基因作物时增加额外的成本。
