杀菌剂的作用方式不同，使用方法也各异，但杀菌剂防治病害的原理不外乎三种，即化学保护、化学治疗和化学免疫。
化学保护
就是在植物未患病之前喷洒杀菌剂预防植物病害的发生。常见的某些杀菌剂一般只有2种保护措施：一是在病原菌的来源处如病菌越冬的场所，中间寄主和土壤等施药清除侵染源。通过施用杀菌剂消灭或减少侵染源从而减少病原菌对作物造成侵染的可能性。例如，冬季清除果园内杂草，消灭越冬病菌，种子消毒和土壤消毒等具体手段，都属此类化学保护措施。二是在田闯未发病而可能被病原菌侵染的作物体上喷洒杀菌剂，防止病原菌侵染，从而达到预防植物病害发生的目的。作物表面喷1上杀菌剂也可以对前来侵染作物的病原物细胞或孢子起毒杀作用。为防治土传病原菌对作物的侵染，在播种前用杀菌剂处理作物种子或在移栽前使用杀菌剂处理幼苗根部，都属于此类措施。
预防重于治疗，防病的效果也优于治病的效果。所以，我国植保科技工作者提出的“预防为主，综合防治”的植保方针是很有指导意义的。
化学治疗
即在植物发病或感病后施用杀菌剂使之对被保护的作物或者对病原菌起作用，改变病原菌的致病过程，从而达到减轻或消除病害的目的。根据病原对植物的侵染程度和用药方式可以把化学治疗分为3种类型：一是表面化学治疗。有些病菌如白粉病菌主要附着在植物体表面，使用石硫合剂就可以把病菌杀死，起表面治疗作用，非内吸性杀菌剂也可以防治此类病害。二是内部化学治疗。把内吸传导性杀菌剂如甲基托布津、多菌灵引入到作物体内治疗已经侵入到植物体内部的病菌。此种杀菌剂的其对病菌的反应或病菌的致病过程，但多数内吸杀菌裁只具有其其对病菌的反应或病菌的致病过程，但多数内吸杀菌剂只具有其
中一种作用。三是外部化学治疗。防治果树或森林病害时常常采用的外科疗法，就是外部化学治疗。如苹果腐烂病即把树干或枝条外部被病菌侵染发病后的病斑刮去，伤口再用杀菌剂消毒，涂以保护剂或防水剂，防止侵染的进一步扩大。
化学免疫
利用化学物质使被保护作物获得对病原菌的抵御能力。目前比较肯定的具有化学免疫功能的化合物有2,2一二氯一3,3一二甲基环丙羧酸、乙膦铝和噻瘟唑等3种化合物。其中噻瘟唑是最典型的化学免疫剂，用它处理水稻植株可诱导产生几种抗菌物质使水稻获得抗稻瘟病的能力。甲壳素以及低聚糖类化合物也具有诱导植物产生抗病能力的作用。
