抑制脂肪酸合成
脂类是植物细胞膜的重要组成成分。现已发现有多种除草剂抑制脂肪酸的合成和链的伸长，如芳氧苯氧丙酸类、环己烯酮类、硫代氨基甲酸酯类、哒嗪酮类。芳氧苯氧丙酸类和环己烯酮类除草剂的靶标酶均是乙酰辅酶A羧化酶，常称作乙酰辅酶A羧化酶抑制剂
干扰激素平衡
最早合成的有机除草剂苯氧乙酸类（如2,4一滴、2甲4氯）以及苯甲酸类除草剂具有植物生长素的作用。氯氟吡氧乙酸和二氯喹啉酸也属激素型除草剂。
植物通过调节生长素合成和降解、输入和输出速度以及共轭作用（包括可逆和不可逆共轭）来维持不同组织中的生长素正常的水平。其中，可逆共轭作用最为重要。激素型除草剂处理植物后，由于缺乏调控它在细胞间浓度，所以植物组织中的激素（激素型除草剂）浓度极高，而干扰植物生，最终导致植物死亡。
