西瓜病虫害有猝倒病、炭疽病、蔓枯病、枯萎病、病毒病和蝇、叶螨、瓜蚜、美洲斑潜蝇等。
一、农业防治
1. 清洁田园。一是对瓜田附近的沟路边杂草要清除干净，减少害虫前期可利用的寄主；二是西瓜花叶病毒寄主范围较广，害虫危害杂草后可能带毒进入瓜田，清除瓜田附近的杂草对防病虫有重要作用；三是注意清除西瓜的病株。应将病株拔除集中深埋或烧毁，不要随手丢弃在沟内或路边。
2. 叶面追肥。瓜农一般都十分注意基肥的施用，叶面追肥也是肥料施用的一个重要组成部分。用0.2%磷酸二氢钾结合喷农药时一起混合用，可增强植株的长势，提高抗病能力，对于植株长势较弱的，可以增加0.2%～0.3%的尿素混合喷施。对发病的西瓜植物进行叶面施肥，也可起到减缓病情的作用。
二、生物措施防治
1. 用生物农药2%宁南霉素200～250倍液，病毒病发病前或发病初期喷雾防治。
2. 用0.9%虫螨克3000倍液喷雾可防治蚜虫。
三、化学药剂防治
1. 西瓜出苗后易发生猝倒病，喷洒66.5%普力克水剂1000～1500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液等，可起到有效防治作用。
2. 防治枯萎病 定植时用50%多菌灵可湿性粉剂2千克，掺细土100千克，施入定植穴内，也可定植后用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托布津1000倍液灌根1次，每穴药液250毫升，同时也预防炭疽病的发生。枯萎病发病初期，发现枯萎病株后，立即以病株根际为中心, 挖深8～10厘米、半径10厘米的圆形坑，使主根部分裸露，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津1000倍液灌根，每穴药液500毫升，可兼治蔓枯病。
3. 防治蔓枯病 可喷洒70%甲基托布津800倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液。
4. 防治病毒病 病毒病主要是蚜虫传播，防治病毒病，应在蚜虫发生高峰前，喷20%吡虫啉1500倍液防治。保护地可用熏蒸法，用1.5%蚜虱净烟剂每667平方米300克，在棚内多点均匀分布，傍晚时将大棚密闭，依次点燃，闭棚12小时后放风；也可用80%敌敌畏667平方米用150～200克熏蒸，在大棚内均匀布点，每点先堆放小堆锯末，点燃后倒上敌敌畏熏蒸，此法一般在白天中午前后、棚内温度达30℃左右时进行，熏2小时后通风。发现病毒植株，可喷20%病毒A600倍液，每7天喷1次，连续2～3次。
5. 防治炭疽病 可在发病初期，喷洒80%炭疽福美800倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或50%施保功可湿性粉剂400～600倍液。保护地可采用烟雾熏蒸法，用45%百菌清烟剂每667平方米每次200～250克，8～10天熏1次，同时可兼治疫病。
6. 潜叶蝇 以幼虫在叶片内潜食叶肉，在叶片中形成许多弯曲的潜道，掌握成虫发生盛期及时防治成虫，或在刚出现潜道时喷雾防治幼虫。可用0.9%虫螨克3000倍液喷雾，或用40%绿菜宝800倍液，或25%爱卡士1000倍液，或40%乐果乳油1000倍液等喷雾。
7.杀菌、杀虫剂和化肥混用 杀菌剂、杀虫剂和作叶面施肥的磷酸二氢钾除了不能和杀毒矾混合使用外，其它的杀菌、杀虫剂均可混合施用。一般的农药在晴天能保持7天左右，因此每间隔7天就要喷施一次农药，这样同时可达到预防病虫害和促进西瓜植株健壮生长的双重效果。
