首先，农药存放农药的地方应阴凉、干燥、通风，温度不应超过25摄氏度，更要注意远离火源，以防药剂高温分解。另一方面由于大多数农药具有挥发性，贮存农药要注意施行密封措施，避免挥发降低药效，污染环境，危害人体健康。对于不同的农药类型要进行不同的放置保管：粉剂农药要放在干燥处，以防受潮结块而失效；按化学成分，农药可分为酸性、碱性、中性三大类。而这三类农药要分别存放，距离不要太近，防止农药变质；也不能和碱性物质、碳铵、硝酸铵等同时存放在一起。
其次，不要把农药和易燃易爆物放在一起，如烟熏剂、汽油等，防止引起火灾。对已失效或剩余的少量农药不可在田间地头随地乱倒，更不能倒入池塘、小溪、河流或水井。也不能随意加大浓度后使用，应采取深埋处理，避免污染环境。
而在不同的季节，农药保管也有一定的要求。冬季，固体农药，注意隔湿防潮，用木板或晒干的谷壳、麦秸、稻草等做铺垫，并注意通风散湿。微生物农药 在低温干燥的环境中保存，防高温防潮湿，保存时间不要超过2年。
