防治根肿病应采取综合防治措施。最好实行水旱轮作或与非十字花科作物轮作3~5年，并结合深耕，可以有效地减轻病害的发生。此外可以增施石灰，降低土壤酸度，以降低发病率。蔬菜根肿病的药剂防治措施如下：
一是做好种子消毒。播种前用55℃温水浸种15分钟，再用10%氰霜唑悬浮剂2000~3000倍液浸种10分钟，洗净后播种。
二是苗床消毒。可用50%的敌磺钠可溶性粉剂500倍液或10%氰霜唑悬浮剂1000~1500倍液对苗床喷淋，淋土深度15厘米左右。
三是种苗杀菌。种苗移栽前用适当浓度(15%)的石灰水或10%氰霜唑悬浮剂1500~2000倍液浸根或作定根水浇施，防止病菌侵入根系。
四是移栽前对大田消毒灭菌。使用的药剂有氟啶胺和谱菌特。氟啶胺喷雾混土进行土壤处理，是防治根肿病的高效药，但浓度大时对幼苗根系生长有抑制作用，不宜作灌根等集中式施药处理。60%谱菌特一般用750倍液喷施，用作大田土壤消毒处理，效果可达70%~80%。
五是发病后喷药防治。大田十字花科蔬菜呈现根肿病症状后，可用10%氰霜唑悬浮剂1500~2000倍液灌根，或用75%百菌清可湿性粉剂800倍液灌根处理，或用20%喹菌酮可湿性粉剂1000倍液，对发病株基部定点喷药防治。
