合理配置浓度不同的杀菌剂其使用浓度都有特殊要求，配置浓度时一定要严格按照“使用说明书”操作，不可随意加大或缩小。
选准喷施时间喷施杀菌剂时间过迟或过早都会影响防治效果。应根据作物不同病害的发生规律和具体情况及时用药。通常在发病前(保护用药)或发病初期(防患于未然)使用为佳。
掌握用药次数杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂持效期的长短和气象条件来确定。一般每隔10～15天喷一次，共喷2～3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
提高用药质量用药数量要适宜，用药过多会增大成本、易造成药害，而用药过少则无法达到用药目的。用药质量要讲究，喷药时要求喷雾均匀，力求做到不漏喷。
严格防止药害杀菌剂造成药害有多种原因，首先一般水溶性较强的药剂容易发生药害，其次不同作物对药剂的敏感性也不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物也会产生药害。豆类、马铃薯、棉花则对石硫合剂敏感。再者作物的不同生长发育阶段对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。另外，一般高温干旱、日照强烈或雾重、高湿等条件下用药易引起作物药害。
谨慎药物混用杀菌剂不少为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用，如波尔多液、石硫合剂等呈碱性。还有一些杀菌剂如多菌灵不能与波尔多液、石硫合剂、托布津等杀菌剂混用，同样会造成杀虫(菌)微生物丧失生理活性和杀虫(菌)能力而失效。
注意规避抗药性使用杀菌剂也存在作物病害的抗药性问题。为规避病害抗药性，要在科学选用农药的基础上，切实做好不同类型的药剂的交替(轮换)使用，严禁长期单独使用一种农药。
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