一、注意选择药剂的剂型
所选药剂一定要溶于水。不能用粉剂浸种，因为粉剂不溶于水，药粉浮于水面或下沉，种子沾药不匀，达不到浸种灭菌的效果。
二、准确配制药液
浸种所用的药剂浓度不是根据种子重量计算的，一般按照药剂的有效成分含量计算。浸种的药剂浓度一般和浸种时间有关，浓度低时浸种时间可稍长一点，浓度高时浸种时间要缩短，如果不准确掌握好浓度，就容易发生药害或降低浸种效果。
三、充分搅拌
种子放入药液中要充分搅拌，以排除药液内的气泡，使种子与药液充分接触，提高浸种效果。
四、药液面要高出种子
在浸种时，药液面要高出种子16厘米以上，以免种子吸水膨胀后露出液面，降低效果。
五、掌握好浸种时间
时间过长会产生药害，过短则达不到消毒的目的。具体浸种时间应根据药品使用说明进行操作。
六、要注意浸过的种子是否需冲洗和晾晒
对药剂忍受力差的种子在浸过后，应按要求用清水冲洗，以免发生药害。如果没有具体说明浸后水洗的就不必水洗。无论需要还是不需要水洗，一般浸后都应摊开晾干。但有的也可以浸后直接播种，这要根据农药种类和土壤墒情而定。
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