1、合理配置
浓度不同的杀菌剂其使用浓度都有特殊要求，配置浓度时一定要严格按照“使用说明书”操作，不可随意加大或缩小。
2、选准喷施时间
喷施杀菌剂时间过迟或过早都会影响防治效果。应根据作物不同病害的发生规律和具体情况及时用药。通常在发病前(保护用药)或发病初期(防患于未然)使用为佳。
3、掌握用药次数
杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂持效期的长短和气象条件来确定。一般每隔10-15天喷一次，共喷2-3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
4、提高用药质量
用药数量要适宜，用药过多会增大成本、易造成药害，而用药过少则无法达到用药目的。用药质量要讲究，喷药时要求喷雾均匀，力求做到不漏喷。
5、严格防止药害
杀菌剂造成药害有多种原因，首先一般水溶性较强的药剂容易发生药害，其次不同作物对药剂的敏感性也不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物也会产生药害。豆类、马铃薯、棉花则对石硫合剂敏感。再者作物的不同生长发育阶段对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。另外，一般高温干旱、日照强烈或雾重、高湿等条件下用药易引起作物药害。
6、谨慎药物混用
杀菌剂不少为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用，如波尔多液、石硫合剂等呈碱性。还有一些杀菌剂如多菌灵不能与波尔多液、石硫合剂、托布津等杀菌剂混用，同样会造成杀虫(菌)微生物丧失生理活性和杀虫(菌)能力而失效。
7、注意规避抗药性
使用杀菌剂也存在作物病害的抗药性问题。为规避病害抗药性，要在科学选用农药的基础上，切实做好不同类型的药剂的交替(轮换)使用，严禁长期单独使用一种农药。
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