（1）合理配置浓度：
使用杀菌剂(包括水剂和可湿性粉剂)喷雾时，都需要用水将药剂配成或稀释成适当的浓度。不同的杀菌剂其使用浓度都有其特殊要求，配置浓度时一定要严格按照“使用说明书”操作，不可随意加大或缩小。如果浓度过高就极易造成药害，而浓度过低则达不到用药防治病害的效果。
（2）选准喷施时问：
一般而言，喷施杀菌剂的时间过迟或过早都会影响防治效果。喷药时问过早不仅造成浪费，而且会降低防治效果。而喷药时间过迟则因大量病原物已经侵入寄主或造成危害，这时即使喷内吸治疗剂，也因“亡羊补牢”结果“事倍功半”。因此，使用杀菌剂时应根据作物不同病害的发生规律和预测预报以及病害发生的具体情况及时用药。通常杀菌剂的用药时间均应掌握在发病前(保护用药)或发病初期(防患于未然)为佳。
（3）掌握用药次数：
杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂残效期的长短和气象条件来确定。一般每隔10～15天喷一次，共喷2～3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
（4）提高用药质量：
杀菌剂的喷药质量包括用药数量和喷药质量。用药数量要适宜，用药过多一方面会增大成本，另一方面还极易造成药害。而用药过少则无法达到用药目的。用药质量要讲究，喷药时要求雾点细密，喷药均匀，要喷遍植株茎干和叶片正反面，力求做到不漏喷。
（5）严格防止药害：
杀菌剂造成药害有多种原因，首先一般水溶性较强的药剂容易发生药害，其次不同作物对药剂的敏感性也不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物也可以产生药害。豆类、马铃薯、棉花则对石硫合剂敏感，药害的几率较高。再者作物的不同生长发育阶段对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。另外，药害与气象条件如气温、日照等也有一定关系，一般高温干旱、日照强烈或雾重、高湿等条件下用药均易引起作物药害。
（6）谨慎药物混用：
杀菌剂不少为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用，如波尔多液、石硫合剂等呈碱性不能和1605、乐果、敌敌畏等混合使用，否则会造成“两败俱伤”。还有一些杀菌剂如多菌灵、白僵菌等不能与波尔多液、石硫合剂、托布津等杀菌剂混用，同样会造成杀虫(菌)微生物丧失生理活性和杀虫(菌)能力而失效。另外，一些混合后产生化学反应并致药害的也不能“乱点鸳鸯谱”。当然，也不是所有的杀菌剂都不能与其他农药混用，有少数杀菌剂与农药混合后还能起到增效的作用。例如，乐果与酸性杀菌性如代森锌或可湿性硫磺或胶体硫等混用，不仅不会影响药效的发挥，反而还有提高药效的作用。
（7）注意规避抗药性：
使用杀菌剂也存在作物病害的抗药性问题，长期使用单一的药剂(主要是内吸杀菌剂)，就会导致病原物产生抗药性，即使多次重复用药也无济于事，甚至变本加厉。为规避病害抗药性，要科学选用农药的基础上，切实做好不同类型的药剂的交替(轮换)使用，严禁长期单独使用一种农药。
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