但在蔬菜上使用菌核净防治病害最大的问题是易发生药害，常在喷药以后出现叶片变色、甚至干枯的现象，有的蔬菜叶片变灰白，有的则 变黑褐色。易造成药害的蔬菜有茄子、西红柿、辣椒、黄瓜以及芸豆等豆类蔬菜，用药后不但枝叶变色，其产量和品质也会受到严重影响。该 药说明中的使用浓度要求较低，如对黄瓜、茄子，50%的菌核净要求喷用3500倍以上。在这种较低浓度下，其药效就会大打折扣，防效下降。所 以寿光菜农说“菌核净，菌核净，用的少了不管用，用的多了要了命。”
解决的办法是改喷雾为熏蒸，在棚室中都可应用，而且不会造成药害。办法是每亩地用菌核净200克，待晚上关棚后，先点燃木柴或玉米芯 ，等冒过烟后，把余火移进棚内，上面撒上“菌核净可湿性粉剂”，即可发烟熏棚治病。熏时须从远处开始，慢慢退出棚外。据观察，熏用菌 核净对蔬菜灰霉和菌核病的防治效果比用其他商品烟雾剂更好，也比喷一般杀菌剂效果好，最重要的是这种方法不会造成药害。需要注意的是 熏烟的时间不能太长，通常蔬菜可熏一夜，而茄子和豆科蔬菜只能熏半个晚上，宜从半夜熏起，6-8个小时即可。如果因其它种种原因喷用菌核 净导致蔬菜产生了药害，则应喷用爱多收6000倍混加核苷酸400倍2-3次，4天一次，缓解药害，促进恢复。
菌核净对人畜低毒，对病害有直接杀灭作用，也有内渗治疗作用，持效期较长，对菌核病和灰霉病效果好，病害不易产生抗性，是很有应 用价值的农药。用熏烟的方式防治蔬菜病害，扩大了该杀菌剂的使用范围，解决了药害问题，提高了防效。
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