1、作用方式不同
草甘膦是甘氨酸类，作用机理——抑制烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，蛋白质合成受阻；草甘膦为内吸传导型广谱灭生性除草剂，通过茎叶传导到地下部，对深根杂草的地下组织破坏力强，能达到一般农业机械无法达到的深度。
草铵膦是膦酸类，作用机理——积铵触杀，抑制谷氨酰胺合成。草铵膦为膦酸类非选择性传导型除草剂，通过抑制谷氨酸合成酶这一植物的重要解毒酶作用，导致植物体内氮代谢紊乱，铵过量积累，叶绿体解体，从而使植物光合作用受抑制，最终导致杂草死亡。
2、传导方式不一样
草甘膦是内吸传导灭生；
草胺膦是半内吸或内吸很弱无传导的触杀灭生。
3、除草效果不一样
草甘膦一般要7～10天见效；
草铵膦一般为3天（正常气温）。
从除草速度、除草效果、控制杂草再生时期等方面看，草铵膦的田间表现都很优异，随着草甘膦、百草枯的抗性杂草越来越严重，农民会因草铵膦卓越的防效及良好的环保性能而很易接受。对生态要求更安全的茶园、农场、绿色食品基地等，对草铵膦的需求也越来越大。
4、除草范围不同
草甘膦对160多种杂草有防除作用，包括单子叶和双子叶、一年生和多年生、草本和灌木等植物，但它对部分多年恶性杂草防除效果不理想。对抗性恶性杂草如牛筋草、小飞蓬等，草甘膦效果不是很明显；草甘膦一般不能用于浅根或根系暴露在外的作物如香菜、胡椒、葡萄、木瓜等；
草铵膦为广谱、触杀型、灭生型、非残留除草剂，使用范围很广，草胺膦可以用在所有作物（只要不喷到作物上即可，行间施药要加装盖或罩）。采用杂草茎叶定向喷雾处理，几乎可以用于宽型种植的果树、中耕作物、蔬菜和非耕地的杂草防除；能快速杀死100种以上的禾本科和阔叶杂草，特别是对耐受草甘膦的部分恶性杂草如牛筋草、马齿笕、小飞蓬等效果非常好，成为禾本科与阔叶杂草的克星。
5、安全性能不同
草甘膦一般药7天才播种移栽（一般需要草死亡厚播种，草甘膦入土后很快与铁、铝等金属离子结合而失去活性，对土壤中潜藏的种子和土壤微生物无不良影响.）；草甘膦是一种灭生性除草剂，使用不当会给农作物到来安全隐患，特别是用其防除田埂或果园杂草时，最易出现漂移药害。要强调的是，草甘在果树林譬如柑橘园使用时，对根系还是有破坏的，长期使用会导致果树黄化等现象。
草铵膦在1～4天即可播种移栽。草铵膦低毒、安全、快速、环保、追肥增产，对土壤、作物根系和后茬作物无影响，持效期长，几乎适用于所有作物除草，在土壤中易降解，对作物安全，不易漂移，更适用于在敏感期或雾滴漂移无法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶园、果园等的除草使用。
6、两者前景如何？
草甘膦所面临的核心问题，是抗药性。因着草甘膦的高效、低价、人体代谢快等优势，草甘膦距离被市场自由淘汰尚且有很长一段时间。针对草甘膦的抗药性问题，目前混配使用是一个不错的对策。
草铵膦市场前景良好，增长迅速，但产品生产技术难度也较高，工艺路线也复杂，国内仅有极少公司能规模化生产。杂草专家刘长令认为，草铵膦无法打败草甘膦，从成本来考虑，一吨草甘膦价格大约在2万，一吨草铵膦价格大约在15万——草铵膦的推广，价格上的差距就是一道无法跨越的鸿沟。
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