一是作用和使用期不同
波尔多液是一种保护剂，一般在果树萌芽前使用，主要用于预防病菌侵染性危害。石硫合剂则是一种既能杀菌又有杀螨、杀虫作用的优良药剂，一般于病害开始发生时使用，或在螨类、介壳虫、蚜虫发生期使用。
二是配方不同
波尔多液由硫酸铜、生石灰和水配成，剂型有等量式、半量式、倍量式等几种，其硫酸铜、生石灰和水的比例分别为1∶1∶100，0.5∶1∶100，2∶1∶100，果树上使用石灰倍量式，即硫酸铜、生石灰和水的比例是2∶1∶100，施用时不要再加水。石硫合剂是由硫黄粉、生石灰和水配制而成的，其配方是硫黄粉、生石灰、水比例为2∶1∶10，施用时可根据具体情况稀释。
三是存放时间和要求不同
波尔多液须随配随用，不能久存。而石硫合剂则可以配置好后贮存在瓷器坛内，在其表面洒一层废机油作保护层加盖密封，能存放15～20天。
四是配制方法不同
波尔多液只要先把硫酸铜溶解于水，然后倒入乳化好的石灰水中搅拌均匀，滤清杂质即可使用。而石硫合剂需要熬煮，熬煮的方法是：先用水把生石灰溶解，加水煮沸，然后慢慢加入调匀的硫黄粉，边加边搅拌，煮至药液由淡黄色变为黄褐色，而且转深至赤褐色为止。
值得注意的是，熬煮时间不宜过长，以防降低药效，熬制时不能用铜锅，应使用铁锅。
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