板蓝根不同于其他作物，一旦除草剂使用不当，就会伤害药材植株，所以选药一定要准必须专药专用。
播后苗前可以使用氟乐灵，但是由于杂草出土时间不一致，而氟乐灵的药效周期短暂，所以氟乐灵对出土后的杂草效果不佳。
盖草灵也是防除板蓝根田杂草的专用除草剂，特别是一年生的杂草，效果非常好，此外还有草甘膦，草甘膦是灭生性除草剂，本来是不适合的，但是由于天气干旱，杂草旺盛，完全可在未出苗前喷雾除草，所以说在板蓝根的整个生长过程中，恰当的施用氟乐灵、盖草灵、草甘膦，可有效的防除杂草。
板蓝根对农药残留要求规格高所以在使用除草剂的时候一定要注意方式方法一个不小心，可能就会前功尽弃。
首先要选择在最佳时期进行施药比如选择板蓝根苗长到6厘米左右进行喷施可以大大的减少农药残留。
其次板蓝根叶片薄，接触到除草剂容易受害，所以浓度要低。此外还要严格掌握限用剂量，根据具体土质、气候等严格按药品说明书操作，如果条件允许的话可以事先小面积的做个试验看看板蓝根田施药后的反应效果好的话在大面积的施用，这样可以保证药材的安全。
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