为了预防事故，从安全着眼，剩余农药最好放在木箱内，并在外面贴标签加锁。农药不可与粮食、菜、饲料同室。远离易燃易爆物，如鞭炮、火药等；农药原包装瓶、袋不能装食用及家庭日常用品。
农药多数都有挥发性，存贮要密封。乐果、敌敌畏、辛硫磷等挥发极易造成空气污染，一定要拧紧瓶盖，密封保存。
农药标签不可丢失，因水湿等原因造成字迹不清时，要人工抄写，贴在外包装上。
没用完时两种农药不可混在一个瓶瓶、袋内，以免产生化学反应失效。也有些农药互相间隔要有较大距离，如碱性、酸性、中性农药混放在一起会导致药效降低，变质或失效。
存放农药相对湿度要保持在75%以下，以防因潮湿结块。同时还要防高温，如乳剂农药遇高温后便会破坏其乳化性能，降低药效。农药粉剂在高温下会使药效降低。农药要存放在阴凉、干燥、通风的地方，储存温度不超过35℃，但过低温度也会使液体农药结冰、冻裂，要保持在1℃以上，天冷可用稻草、稻壳等覆盖保温。
许多农药都怕阳光照射，长期曝晒会使农药分解变质、失效，所以尽量避光保存。对已失效或剩余极小量农药要深埋，不可随便倾倒在池塘，河流里。
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