一是作用和使用期不同
波尔多液是一种保护剂，一般在果树萌芽前使用，主要用于预防病菌侵染性危害。石硫合剂则是一种既能杀菌又有杀螨，杀虫作用的优良药剂。一般于病害开始发生时使用，或在螨类，介壳虫，蚜虫发生期使用。
二是配方上的不同
波尔多液是帖硫酸铜，生石灰和水配成，剂型有等量式，半量式，倍量式等几种。其硫酸铜、生石灰和水比分别为1：1：100，0.5：1：1002:1:100。果树上使用石灰倍量式，即硫酸铜，生石灰和水比例是1：2：100，施用时不要再加水。石硫合剂是由硫磺粉，生石灰和水配制而成的。
其配方是硫磺粉，生石灰，水，比例为2：1：10：15，施用时可根据具体情况稀释。
三是两者对存放时间要求不同
波尔多液须随配随用不能久存。而石硫合剂则可以贮存在瓷器坛内，在其表面洒一层废机油作保护层加盖密封能存放15—20天。
四是配制方法上的不同
波尔多液只要先把硫酸铜溶解于水。然后倒入乳化好的石灰水中搅拌均匀，滤清杂质即可使用。而石硫合剂应熬煮。
熬煮的方法是：先用水把生石灰水溶解，加水煮沸，然后慢慢加入调匀的硫磺粉，边加边搅拌，煮至药液由淡黄色变为黄褐色，而且转深赤褐色为止，但要值得注意的是：熬煮时间不宜过长，以防降低药效，熬制时不能用铜锅，应使用铁锅。
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