微生物杀虫剂的使用方式和作用特点与化学药剂存在很大区别，很多菜农因为使用技术不过关影响了微生物杀虫剂的药效。
微生物杀虫剂仅有胃毒、触杀作用，且很多生物药剂附着力较差、侵染期较短，所以只有正确掌握使用方法，才能充分发挥其药效。
1.根据作用机理选择药剂
微生物杀虫剂包括细菌、真菌、病毒等多个种类的杀虫剂。其中，细菌类杀虫剂主要有苏云金芽孢杆菌、青虫菌、球形芽孢杆菌等，以苏云金芽孢杆菌使用时间最长，用量最大；真菌性杀菌剂包括白僵菌、绿僵菌、拟青霉、座壳孢菌和轮枝菌等，以白僵菌、绿僵菌使用较为普遍；病毒性杀虫剂则包括核多角体病毒、颗粒体病毒和质型多角体病毒等。
以细菌、病毒等病原微生物为主的生物农药必须由昆虫口器摄入，经消化道感染寄主，因此，微生物杀虫剂一般只对咀嚼式口器害虫有效，而无法作用于刺吸式口器害虫。苏云金芽孢杆菌的主要目标害虫是咀嚼式口器害虫，如鳞翅目、鞘翅目等，对蚜虫、飞虱、粉虱等刺吸式口器害虫却无能为力。
研究表明，只有真菌能感染和杀死刺吸式害虫，因为真菌病原物一般通过体壁侵入寄主昆虫，无需从口器摄入。因此，只有明确各种微生物杀虫剂的作用机理，才能根据不同的目标害虫选择最佳的菌剂防治。
2.微生物杀虫剂要早用
微生物杀虫剂一般要经过侵染寄生、积蓄繁殖、起效胃毒等环节才能发挥作用。如细菌、真菌性杀虫剂多需要7天以上才能导致害虫大量死亡，而病毒性杀虫剂起效期甚至超过10天。因此，在施用时要抓住卵孵化盛期或幼虫低龄期用药，此时既能使药剂浸入虫卵或附在卵壳上，待幼虫孵化时染病而死，又能保证害虫取食后死亡。
3.注意用药时间
温度和阳光对生物农药的效果有着一定的影响。如温度过高可以破坏苏云金芽孢杆菌的晶体毒素结构，从而影响防治效果，阳光也可使苏云金芽孢杆菌的杀虫活性下降。蝶蛾类害虫的幼虫多在傍晚和早晨天气较为凉爽时取食，因此，施用微生物杀虫剂时，一般宜选择暖湿天气的傍晚或阴天施药，此时环境适宜，害虫取食活性强，效果更好。
4.注意用药方法
小菜蛾幼虫喜欢在叶背取食，需将菌液喷到叶片的正、反两面才能达到较好的防治效果。斜纹夜蛾初孵时群聚咬食叶肉，2龄后分散，宜在初孵期进行叶面喷雾防治。烟青虫的初孵幼虫先取食卵壳，接着为害嫩茎、幼叶和果实，在卵期施药的防治效果最好。针对不同害虫的取食情况合理用药，才能收到较好的防治效果。
5.与化学农药混用
在害虫大发生和混合发生的情况下，生物农药和化学农药混用一方面可提高农药的防治效果，另一方面可延缓害虫对农药的抗性。但是需要注意，微生物杀虫剂为活体起效，因此不能与杀菌剂、碱性农药等同时使用或复配使用，如Bt乳剂、阿维菌素不能与碱性农药混用。
