自来水。用自来水浸泡或冲洗可以去掉部分农残，但不要泡太久，以10分钟为宜。如果泡的时间太长，反而可能产生亚硝酸盐，也有害健康。最好先在水龙头下用力搓洗果蔬，外表“结实”的瓜果还可用小刷子刷洗，觉得洗干净了，再用水冲洗15~20秒就可以放心吃了。有机磷农残引起的蔬菜中毒事件比例很高，包括常见的敌敌畏等，清洗这类农残时，温水的洗涤效果比凉水更好。
盐水。用盐水浸泡果蔬不太可取，尤其对绿叶菜来说，盐水会破坏菜叶的细胞膜，不仅损失营养，还可能让农残进入菜中。盐水对清洗农残没有太多作用，但对去除果蔬内的虫害有些帮助，比如盐水可以泡出樱桃、菜花等果蔬中的一些小虫。
水中加醋或碱(小苏打)。水中加些醋或小苏打，对洗掉不同种类的农残或多或少有些帮助。不过，对于常见的农残，用小苏打泡的效果可能会更好一些。华南理工大学轻工与食品学院刘伟森等人的研究也证实，小苏打等食用碱对去除有机磷农残有一定效果，在清水中加入10%的食用碱清除效果最佳，对敌敌畏的去除率可达到76.11%，然而，食用碱浓度低于2%或超过15%效果和自来水无异。因此，用碱性水清洗果蔬需要掌握好浓度。
淘米水。生活中人们常见的淘米水其实就是弱碱性水，对清洗农残有帮助。不过，台湾《康健》杂志提醒，有些米本身就有农残，淘米水中可能存在不确定风险。
洗涤剂。用洗涤剂清洗果蔬的方法不值得提倡，因为洗涤剂本身就是一种化学物质，可能造成二次污染。
最后，果蔬农残分两类，一种是附着式，农残只是在果蔬表面;另一种是内吸式，农残已经渗入果蔬皮中。对于前者，可以通过冲洗等去除部分农残，而后者只能削皮。实在担心农残问题的人可以统一用削皮的方式处理，能去皮的果蔬全部削皮。不过，几位专家均表示，国家许可使用的农药品种，没有人们想的那么可怕，果蔬农残问题也没有那么严重，大家要放松心态，理性对待。
