根据作物需要和土壤供肥情况，把农家肥和不同的化肥按一定的比例掺和在一起混施，是科学施肥提高肥效的一条途径。但农家肥和化肥种类很多，并非都能混施，混施适宜能事半功倍，混施相忌的，则事与愿违。
尿素与农家肥混施。二者混施可提高尿素的肥效。尿素一旦与土壤、农家肥料及其他有机物接触，因受土壤脲酶的作用，迅速产生生化反应释放出氨，尿素的分解产物速度与土壤肥力、农家肥的质量、气温、潮湿度有关。冬季在低肥力土壤上，尿素施后10天左右才能表现出肥效；夏秋季节，在高肥力土壤中只需3-5天就能表现出明显的肥效。若在尿素中混入少量的饼肥或粪尿，则会使氮的转化高峰大大提前。如果尿素与优质农家肥混合使用，还可延长肥效时间，除当季作物增产外，下茬作物也能增产。
磷肥与农家肥混合堆沤保氮促磷。农家肥在腐熟过程中，会产生大量的二氧化碳和腐植酸类物质，它们均有助于非水溶性磷肥的溶解，可以提高肥料的质量。如在每50公斤人粪尿中加入2.5公斤过磷酸钙，搅拌均匀后存放5-7天，能使人粪尿中极易挥发的碳酸铵转化成性质稳定的磷酸铵，从而防止了氮素的挥发流失，增加了人粪尿中磷元素。特别是难溶性的磷肥，如磷矿粉等在施用前最好与优质农家肥混合堆沤。此外，农家肥堆沤时，含氮物质氰化，在翻动时常会引起氮的挥发损失，如果添加过磷酸钙，就可收到以磷保氮的效果。
各种厩肥、堆肥和沤肥与过磷酸钙混沤使用，能减少过磷酸钙与土壤的接触面，避免磷酸根离子被土壤固定而提高磷的有效性。
氯化铵和堆沤肥混合。将农作物秸秆切成段，加入2%的氯化铵和少量的人畜粪尿堆沤，并在其上盖土，腐熟后即成为高效生物钾肥。施用后可使农作物长得更壮、抗倒伏，抗异性能更强。此外，碳酸氢铵加入堆沤肥中，如将作物秸秆、叶片切成碎段，加入0.5%-1%的碳酸氢铵和适量人畜粪尿，最后用泥浆密封，腐熟后就成了含钾较高的复合型肥料。这种肥料养分齐全，能满足作物对多种养分的需要。
