常见的青椒病共有三种：青椒疫病、青椒炭疽病、青椒软腐病。多发生在青椒的幼苗至成株期，在青椒最“虚弱”的时间段，在选用农药进行防治时要考虑到青椒的生长问题，否则产生药害就好发生不可知的后果。
一是青椒疫病，这是青椒生产的主要病害，幼苗发病可引起猝倒，严重时造成幼苗成片枯死。成株发病，可危害各个部位，导致叶、果青枯、软化腐烂，病部有灰白色霉层。防治上要避免与瓜、茄果类连作，要高畦栽培，清理田园，及时除掉病株、病叶、病果;合理灌水、控水;初发病用40%乙膦铝可湿粉200倍，或64%杀毒矾M8可湿粉400-500倍，或70%百菌清可湿粉600倍液喷雾防治。
二是青椒炭疽病，从幼苗至成株均可发病，主要危害叶片和果实。当发现病情后，及时用70%甲基托布津可湿粉500-600倍液，或50%多菌灵可湿粉400-600倍液，或25%菌百克可湿粉750-1000倍液喷雾防治。
三是青椒软腐病，如果发现此病害要喷72%农用链霉素4000倍液，或新植霉素4000倍液，或77%可杀得500倍液。
