油菜生长期主要的病虫害有菌核病、霜霉病、白粉病、菜青虫和蚜虫，一般双低油菜的耐病性比常规油菜品种差，要特别加强对菌核病的防治。防治菌核病应坚持 “预防为主综合防治”的原则，轮作换茬、开好三沟、深沟高厢，降低田间湿度是基础，药剂防治应在初花期、盛花期喷洒40%菌核净1000—1500倍药液加新高脂膜800倍液防治，能起到较好的防治效果，并在油菜孕穗期喷施壮穗灵能强化农作物生理机能，提高受粉、受精、灌浆质量，增加千粒重。
另外还需要及时摘除病叶、病株，喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源。在虫害防治上完善虫害预测、预报体系，当蚜株率达10%左右时，亩用2.5%敌杀死20毫升兑水50—60公斤喷雾，也可用氧化乐果等农药加新高脂膜800倍液防治，防治蚜虫。对于草害中耕除草结合化学除草在栽前用乙草胺或栽后用盖草能进行防治。
