1、 瓜类根部病害多为土传病菌侵染所致，有真菌也有细菌，还有根结线虫等，在甜瓜生育期发生的根部病害主要是枯萎病和根腐病，一旦发生很难治愈，外观表现症状是植株茎叶正常，无病菌侵染，叶片逐渐失绿，失水萎蔫枯萎死亡，当田间出现个别类似的植株时应及早拔掉，同时进行药剂灌根，切断病原扩展。
重茬栽培或易死秧的老瓜区用专用南瓜砧木嫁接，或定植时和果实膨大后期用延边产95%恶霉灵（绿享一号）4000倍液或适乐时1500倍液灌根或喷雾灌根预防枯萎病，根腐病。 喷世高1500倍液防治蔓枯病。有些地区重茬栽培还会发生根结线虫，本病发生在根部，在甜瓜根部产生白色根瘤状物，互相连结成串珠状，造成甜瓜结瓜少，死秧，这也是有些抗枯萎病病品种也死秧的原因之一，可在定植时施用克线磷颗粒剂等防治线虫的杀虫剂防治。
2、伸蔓期至结果期遇低温阴雨天气，应喷200倍液钾宝或0.2%尿素加0.2%磷酸二氢钾或1000倍液植物动力2003喷洒或宝力丰、鱼蛋白等补充营养，用日本产加瑞农预防细菌性叶斑病、黑腥病、果腐病、角斑病。
3、座果至果实成熟期遇连雨天或雨后下雾，甜瓜叶片上出现小黄点，几天内病斑扩大变成黑灰大病斑，一周之内大量叶片枯死，满地瓜球失去商品价值。主要是霜霉病或有时并发细菌性叶斑病、细菌性角斑病、细菌性果腐病、疫病、炭疽病、叶枯病。经几年生产实践证明，阿米西达、烯酰吗啉、翠贝是当今全球先进的杀菌药剂，对甜瓜多类真菌病害防治效果较为理想，杀菌广谱，铲除病害较彻底，持效长无残留，是当前防治露地甜瓜叶部病害必备良药。
翠贝同时是防治白粉病最佳药品。用量25％阿米西达悬浮剂lOml兑一壶水(15kg)即亩用药量50ml或2000倍叶面喷洒，50％翠贝干悬剂5g兑水15kg即亩施用量20g，兑120市斤水叶面喷洒，两种药剂可与其它相关药剂交替使用，并注意用药次数，单位面积上不宜超过4次，每次隔10天左右。也可在甜瓜生长前期用绿乳铜（松脂酸铜）、铜大师、加瑞农、大生预防病害，后期发病后用阿米西达、翠贝、领跑、腈菌唑、仙生、普立克防病，做到雨后抢阴、晴天及时施药。高温干旱天气发现白粉病用翠贝、腈菌唑、武夷霉素（BO-10）或杜帮福星防病害。近年南方甜瓜病毒逐渐加重危害，种子带毒、蚜虫传播、叶片相互磨擦是发病原因。可采用阿克泰8000倍液防治蚜虫，清除病苗。喷 20％病毒A400—500倍液或NS-83增抗剂100倍液喷雾2次防病毒病。
