作物和杂草均属高等植物，亲缘关系十分相近，这就要求除草剂具备高度的选择性能，否则无法在农田安全使用。除草剂的选择性有些是本身具有的，如敌稗对水稻和稗草的选择；有些本身不具有选择性，但通过合理的使用也能达到安全有效的除草目的，如草甘膦、克芜踪在玉米田使用。除草剂的选择性原理主要有以下几种：
(1)生物化学选择性：各种植物对某一特定除草剂的代谢方式和途径有差别。在某些植物体内，除草剂能被迅速分解代谢为无活性物质；而在有些植物体内，除草剂不分解或分解代谢为有活性的物质从而将这种植物杀死。利用除草剂在植物体内生物化学反应的差异产生的选择性，叫生物化学选择性。例如，敌稗在被水稻吸收后；水解为无毒物质3，4一二氯苯胺和丙酸，而稗草难于分解敌稗而被杀死。
(2)生理选择性；植物的根系或茎、叶对除草剂的吸收和输导有一定差异。有些植物对除草剂容易吸收和输导，这类植物对此种除草剂表现较敏感；而有些植物对某些除草剂不易吸收和输导，从而这类植物对此类除草剂表现为安全。由此而产生的选择性，叫生理选择性。例如，2，4一D类除草剂，它们在双子叶植物体内的输导速度与程度高于单子叶植物，从而对双子叶植物敏感，对单子叶植物安全。
(3)形态选择性：植物的形态结构、生长点的位置不同，喷洒除草剂时，在植物表面的着药量和吸收量不同，从而影响到植物的耐药性。由此产生的除草剂的选择性，叫形态选择性。
(4)位差选择性：利用各种植物种子或根系在土层中的分布位置不同或植物地上部分的高矮不同而获得的选择性，叫位差选择性。例如，茄子田使用克芜踪除草就是根据茄子植株高、杂草较低，定向喷雾药液只喷在杂草上，茄子生长点着药量极少的原理。
(5)时差选择性：对作物有较强毒性的除草剂，利用杂草和作物出苗或生育期的不同，达到安全使用的目的，叫时差选择性。例如，用草甘膦或克芜踪杀死休闲地内已出苗的杂草，待5～7天后土壤内的草甘膦或克芜踪已钝化，无除草活性时，再播种作物，就不会影响作物出苗。在使用除草剂时，要综合考虑它的各种选择性能以达到安全有效的除草目的。
